各区（市、县）（含先导开发区，以下略同）水行政主管部门是小型水库的注册登记和发证机构，负责登记审核本行政区域内已建的库容在10万至1000万立方米的小型水库、非水利部门管理的符合注册登记条件的小型水库（市三寰集团管理的小型水库除外）和未在册但符合本次注册登记条件的小型水库，办理注销坝高低于15米、库容小于10万立方米、规模达不到小（二）型标准的小型水库和已下文降等报废但未采取工程措施的小型水库，并对登记结果进行汇编、建档、上报备案。
水库管理单位是水库注册登记填报单位，负责收集水库注册登记所需的资料，认真填报登记表，向注册登记机构申请注册登记。
未设水库管理机构的、非水利部门管理的和未在册但符合本次注册登记条件的小型水库，由水库主管部门负责收集水库注册登记所需的资料，填报登记表，向注册登记机构申请注册登记。
三、工作程序和时间要求
水库大坝注册登记工作按填报、审核、发证和备案四个步骤进行，整个工作要求在2009 年6月底前全面完成。
（一）填报
对符合注册登记条件的大中型水库、市自来水集团和市三寰集团管理的小型水库，市级水行政主管部门负责指导水库管理单位填报相应的登记表，经水库主管部门审查同意后报送注册登记和发证机构审核。
对符合注册登记条件的已建的、未在册的、非水利部门管理的小型水库（市三寰集团管理的小型水库除外），各区（市、县）水行政主管部门要发给相应的登记表，组织水库管理单位或水库主管部门按填表说明认真填写，经上级水库主管部门审查同意后报送注册登记和发证机构审核。
水库注册登记信息资料：
1、水库大坝安全状况要在安全鉴定的基础上，以安全鉴定的结论填报；
2、水库其他登记信息，要在安全普查的基础上，以"三查三定"结论资料、水库工程现状资料填报；
3、已完成除险加固的水库，以其竣工验收报告资料填报；
4、正在实施除险加固但未竣工验收的水库，以批复的初步设计报告填报，但在工程竣工验收后一个月内要向有关的水库注册登记机构办理登记变更，申请换证。
（二）审核
对水库管理单位或水库主管部门报送的登记表，各级水行政主管部门要按照注册登记职责分工进行认真审查核实，市级水行政主管部门审核大中型水库、市自来水集团和三寰集团管理的小型水库，各区（市、县）水行政主管部门审核所辖区域内的小型水库、除三寰集团外非水利部门管理的符合注册登记条件的小型水库和未在册但符合本次注册登记条件的小型水库，并签署审核意见。
