（六）实际补偿比例变化，将第二、三、四季度与第一季度进行对比观察。不可报的药品和检查过多、分解住院、大量收治轻症病人、推诿重症病人等情形都会导致实际补偿比下降。
（七）住院人次变化，将改革前后的情况进行对比，与全省同级同类医院进行比较，参考全省住院率的变化和当地住院率的变化进行分析判断。同时，结合该院核定病床数和执业医师数，分析其病床周转次数和床位使用率，判断住院人次增长的合理性。虚假住院、分解住院都会导致住院人次异常上升。
（八）病人满意率变化，将改革前后的情况进行对比，“偷工减料”会导致病人满意率下降。
（九）药品费用和检查费用的变化，将改革前后的数据进行对比分析，对于关键指标出现异常以及重点指标问题较多的医疗机构，其超支部分的药品费用和检查费用，新农合基金可以拒付。
（十）门诊人次、门诊次均费用的变化，将改革前后的数据进行对比分析，防止出现“住院”转“门诊”的现象；可以规定第四季度住院病人不得少于前三季度平均数。
第六条 年终决算
新农合经办机构对在定点医疗机构发生并上传且符合新农合报销范围内的统筹费用进行年终决算。即每年的各定点医疗机构上传实际发生的统筹医疗费用，减去审核核减、违规等因素扣减额度后，为各定点医疗机构年度医疗费用基金支出额度。
第七条 合理补偿
各地要建立对定点医疗机构的激励约束机制，鼓励定点医疗机构控制费用，减轻病人负担。
（一）对经全面考核，考核指标正常变化导致基金预算结余时，将预算结余按一定比例追加给定点医疗机构。具体比例由各地自行确定。
（二）对经全面考核，考核指标正常变化导致基金预算超支时，基金应当合理追加预算额度。
考核指标正常变化指：医疗机构住院人次无明显减少或上升幅度在合理区间（无虚假住院病例）、次均住院费用有所下降或涨幅处于全省同级同类医院平均水平（无虚增收费）、实际补偿比例没有下降或略有上升、其他重点指标均处于正常状态。
（三）对经全面考核，因关键指标出现异常以及重点指标问题较多，导致定点医疗机构出现预算结余，要具体问题具体分析。结余基金处理办法由各统筹地区结合具体情况研究确定。
（四）对经全面考核，因关键指标出现异常以及重点指标问题较多，导致定点医疗机构出现预算超支的，超支部分由新农合基金按不超过30%比例分担、由定点医疗机构按不低于70%比例分担。
