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州民宗委：负责指导、协调宗教场所做好甲型H1N1流感防控工作。
州监察局：负责对领导小组各成员单位遵守和执行自治州人民政府关于防控工作各项部署情况的监督检查，对工作不力、措施落实不到位的单位和个人依法依规追究相应责任。
州民政局：负责组织、协调敬老院、福利院、光荣院及帮助流浪乞讨人员做好甲型H1N1流感防控工作；做好因甲型H1N1流感死亡人员的相关善后工作。
州外办：负责协助相关单位做好涉外来博人员的甲型H1N1流感防控工作，处理防控工作相关涉外事宜。
州财政局：负责争取和落实国家、自治区安排的甲型H1N1流感防控和应急处置专项补助资金，根据自治州人民政府的要求安排自治州防控经费，督促各县市落实配套资金。
州劳动人事和社会保障局：负责组织、协调人力资源市场、劳动服务保障站所做好外来务工人员、求职人员的甲型H1N1流感防控工作；组织制定并会同有关部门落实好参与甲型H1N1流感防控和应急处置工作伤亡人员的待遇政策等工作。
州公安局：负责依法、及时、妥善处置与甲型H1N1流感防控有关的突发事件，打击各种违法犯罪活动，维护治安秩序和社会稳定；协助卫生行政部门依法落实强制隔离和封锁等措施。
州安监局：负责组织、协调非煤矿山、危险化学品、烟花爆竹企业做好甲型H1N1流感防控工作。
州建设局：负责指导、协调建筑施工企业做好甲型H1N1流感防控工作。
州环保局：负责对州内医疗机构和医疗废物集中处置单位从事医疗废物收集、运送、贮存、处置中的环境污染防治工作进行监督检查等工作。
州交通局：负责做好客运站、客运车辆、司乘人员及公路交通项目施工人员的疫情监测，防止甲型H1N1流感通过营运车辆传播；确保甲型H1N1流感防控人员以及防治药品、器械等应急物资和有关标本的及时运送。
州农业局：负责会同州劳动人事和社会保障局向外来采摘棉花、番茄等务工人员宣传甲型H1N1流感防控知识，做好防控措施的落实。
州畜牧兽医局：负责开展与人接触密切动物的相关传染病监测、预报等工作，及时向卫生行政部门通报人畜共患疾病的动物疫情情况。
州旅游局：负责组织旅游行业做好甲型H1N1流感的防控和应急处置工作，督促旅行社、宾馆等落实防控措施。
赛里木湖风景名胜区管委会：负责向进入赛里木湖景区的人员宣传甲型H1N1流感防控知识，做好防控措施的落实。
州教育局：负责组织实施各类学校、托幼机构的甲型H1N1流感防控措施，防止甲型H1N1流感在校内发生和流行，做好在校学生、教职工的宣传教育和自我防护等工作。
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