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国务院成立第一次全国水利普查领导小组及办公室，流域及地方各级政府参照全国水利普查机构设置模式，成立相应普查机构，建立国家（流域）、省、地、县等四级水利普查机构。
（二）责任分工
第一次全国水利普查工作由国务院水利普查办公室统一领导和部署；流域普查机构负责本流域普查的组织实施，协调、指导流域内各省普查工作；省、地市级普查机构负责辖区普查组织实施，协调、指导辖区内各级普查工作；县级普查机构具体实施普查工作。市县各级普查机构主要责任分工如下：
1.市级普查机构
（1）成立普查机构，落实工作人员；编制普查经费预算，落实本级普查经费；督促指导下级政府建立普查机构。
（2）制定辖区普查实施工作方案，负责辖区普查的统一组织实施，指导、检查、协调下级普查机构工作。
（3）负责辖区的普查培训工作，组织人员参加全国培训，指导下级普查培训工作。
（4）负责辖区的普查宣传工作，指导下级普查宣传工作。
（5）负责普查物资设备的准备工作。
（6）重点协调、组织跨界普查对象的普查工作，负责辖区普查对象名录汇总工作，复核辖区内河流湖泊名录、特征指标、流域边界等。
（7）实施直管河道、工程、单位机构的普查，完成区域内普查成果的汇总、协调与平衡。
（8）负责下级上报数据的汇总、审核、分析工作。
（9）对区域内普查工作进行质量检查、成果复核、抽查和验收。
（10）负责普查成果的整理、保管、上报及分析研究工作。
2.县级普查机构
（1）成立普查机构，落实工作人员；编制普查经费预算，落实本级普查经费。
（2）制定本县普查实施计划，组织实施普查工作。
（3）负责普查指导员和普查员的选聘工作，落实普查人员。
（4）开展普查宣传，组织人员参加上级组织的培训，负责基层普查人员的培训工作。
（5）负责各种物资设备的准备工作。
（6）组织普查对象的清查、登记、复核，明确普查对象填报单位，编制清查名录。
（7）组织建立普查动态指标台账，获取动态指标数据。
（8）通过档案查阅、野外调查、现场查勘等方法收集、复核普查数据，组织填报、审核普查表。
（9）负责基层普查工作的检查、指导，普查数据质量的抽查、验收。
（10）协助上级普查机构核对区域内河湖名录及其特征指标，复核河湖流域边界等。
（11）负责土壤侵蚀野外调查单元及侵蚀沟道的外业调查工作。
（12）负责本辖区普查数据的录入、审核、汇总、上报。
（13）助上级普查机构进行检查、抽查、验收。
（14）负责本辖区普查资料的整理、保管及分析工作。
（15）负责普查其他相关工作。
3.相关部门职责
（1）市级各有关部门职责
在市委、市政府的领导下，市水利普查办公室主要职责为：组织领导和管理本级的水利普查培训工作，检查、指导协调县级培训工作；组织本市（区）相关人员参加国家级和省级培训；负责市属单位、跨县工程管理单位、市属在建水利工程管理单位普查员、普查指导员的培训。市级各有关部门要密切配合市水利普查办的各项工作，共同做好水利普查培训工作。市级各有关部门职责如下：
水务部门牵头负责水利普查的日常工作，全面负责水利普查的技术工作，负责水利普查成果的共享利用与分发服务工作；统计部门负责水利普查所需经济社会统计资料、单位名录资料以及第二次全国农业普查、第二次全国经济普查等成果资料的协调保障，指导水利普查方案的制定；宣传部门负责指导水利普查宣传工作，会同领导小组办公室制定普查宣传工作方案，组织协调新闻媒体做好有关宣传报道；发改部门负责协调水利普查方案与国民经济社会发展总体规划及有关专项规划的衔接工作；财政部门负责水利普查经费的保障落实和资金使用的监督管理；国土部门负责水利普查所需第二次全国土地调查成果的协调保障工作；环保部门负责水利普查所需第一次全国污染源普查和环保统计年报资料的协调保障工作；住建部门负责水利普查所需建筑业资料的协调保障工作；农业部门负责水利普查所需农业和农村基础资料的协调的保障工作；林业部门负责水利普查所需林业统计资料的协调工作；气象部门负责水土保持普查所需气象基础资料的协调保障工作；工信部门负责水利普查所需规模企业名录资料保障工作；乡镇企业管理部门负责水利普查所需乡镇小企业名录资料的保障工作；滇管部门负责水利普查所需滇池水信息资料的保障工作；水文部门负责水利普查所需水文基础资料的协调工作；自来水公司负责水利普查所需供水管网资料和供水管网覆盖内用户的资料名录的协调保障工作；排水公司负责水利普查所需污水、中水系统资料的协调保障工作；保密部门负责指导各级水利普查机构的数据管理的保密工作。
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