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（一）总体技术路线
根据普查总体目标要求，按“在地原则”，以县级行政区为基本工作单元，采取全面调查、抽样调查、典型调查和重点调查等多种调查形式。普查数据的收集采用清查登记、档案查阅、现场查勘、DEM和DLG数据融合提取技术、遥感分析、估算推算等多种调查技术。整个普查遵循内外业相结合的原则，充分利用已有的基础资料，积极开展部门之间的协作与交流。
分析整理基层的普查数据，以县为单元进行填报，并对填报数据进行审核、检查、订正，完成数据录入、转换，逐级上报审核、逐级汇总分析。形成从下到上的信息获取、审核、传输、存储、分析为一体的普查数据处理规范；建立普查数据库体系，构筑“省-市-县”三级水利普查信息管理系统。
（二）主要技术方法
根据不同的普查任务和内容，分别采取以下技术方法开展普查：
1.对河湖基本情况普查采取内业提取数据、外业实地调查复核的方法。国家普查机构利用1∶5万DEM、DLG、DOM数据和分辨率为2.5m、20m的影像数据，分析提取河流湖泊的基本特征参数，提出河湖清查图、河湖特征清查表。市、县各级普查机构对河湖清查图和特征清查表进行核对并填报，同时填报水文站水位站、实测和调查最大洪水普查表，并逐级上报汇总，形成河湖基本特征、河流水系特征及湖泊的形态特征成果。
2.对水利工程基本情况、河湖开发治理保护情况、灌区、地下水取水井、水土保持措施和行业能力建设情况普查，通过档案查阅、现场查勘、遥感影像解译、对象访问等方法，按照“在地原则”，以县级行政区为基本工作单元，对普查对象进行清查、登记和建档，编制普查对象名录，确定普查表的填报单位，对规模以上的普查对象逐项填报，规模以下的普查对象区分不同情况汇总填报，逐级进行审核、汇总和平衡。
3.对经济社会用水情况调查，按照“在地原则”，以县级行政区为基本工作单元，区分不同用水户情况采用不同的方法确定调查对象名录。采取用水大户逐个调查与一般用水户典型（或抽样）调查相结合的方式，分析计算不同用水行业的用水指标。根据流域和区域经济社会主要指标，分析推算流域和区域城乡居民生活用水、农业和工业等国民经济各行业生产用水和河道外生态用水状况，逐级进行审核、汇总和协调平衡分析。
4.土壤侵蚀普查，充分应用分层抽样、遥感解译、模型计算、定位查验、统计报送等技术方法和手段。通过统计报送全省降水等气象资料，计算分析获取影响土壤侵蚀的降雨侵蚀力等外营力因素；利用普查土壤资料，计算不同土壤的侵蚀特性；利用DEM提取影响土壤侵蚀的地形因子；通过对SPOT/ASTER、HJ-1、MODIS、AMSR-E、PALSAR等遥感数据解译与反演分析获得植被、地表土湿度等侵蚀影响因子；利用野外调查单元数据经过空间分析获得水土保持工程措施、耕作措施因子、地表粗糙度等侵蚀因子；利用侵蚀模型定量计算土壤流失量，综合分析水力侵蚀的分布、面积和强度。
（三）主要工作步骤
本次普查分为前期准备、清查登记、填表上报、成果发布四个阶段进行。
1.前期准备阶段
主要包含成立普查机构、落实普查人员、编制普查方案、开展普查培训、制作基础图件、收集并处理基础数据，以及宣传动员等环节。
（1）成立普查机构，落实普查人员，开展普查宣传
市、县各级人民政府，参照国务院第一次全国水利普查领导小组和办公室的模式，成立相应的普查机构，选聘得力干部和工作人员，全面负责本辖区内的水利普查工作。县级普查机构，根据本地区普查对象类型、特点及数量等情况，选聘一定数量的普查指导员和普查员，从事普查工作。各级水利普查机构要充分利用多种形式，深入开展水利普查的宣传工作，为普查顺利实施创造良好的舆论氛围。
（2）编制普查方案
根据国务院水利普查办公室编制的《第一次全国水利普查总体方案》、《第一次全国水利普查实施方案》、云南省水利普查办编制的《云南省第一次全国水利普查实施方案》、市水利普查办编制的《昆明市第一次全国水利普查实施方案》及其他相关的技术文件，县各级普查机构应结合当地实际，编制相应的普查实施方案。
普查数据处理方案以及相关的普查软件则由国务院水利普查办公室组织编制、开发，并统一分发至各级普查机构。
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