卫生部门：负责将新型农村合作医疗工作纳入部门重要工作内容，做好医疗机构的管理工作，加强对新型农村合作医疗工作的组织协调和管理。
财政部门：负责新型农村合作医疗基金和工作经费的预算、划拨和财务监督。
审计部门：负责新型农村合作医疗基金和工作经费的监督审计工作。
发展和改革部门：做好县、乡、村三级医疗机构的建设项目计划报批工作。
宣传部门：负责新型农村合作医疗和农村卫生工作方针政策的宣教工作，发挥媒体作用，报道典型事例，为广泛发动群众积极主动参与合作医疗发挥积极引导作用。
教育部门：负责对在校学生参加合作医疗进行宣传，推动广大农民在校学生参加新型农村合作医疗。
民政部门： 做好“五保户”、“特困户”参加合作医疗的动员、资金帮扶工作，并按时将帮扶资金划拨入县合作医疗基金专用帐户；负责开展参合群众的大病医疗救助。（具体办法由民政部门制定）
计生部门：负责对“独生子女户”、“二女绝育户”参加合作医疗的宣传动员和资金帮扶工作，并按时将帮扶资金划拨入县合作医疗基金专用帐户（具体办法由计生部门制定）。
残联部门：做好残疾农民的调查统计，开展对残疾农民参加合作医疗的宣传及其参合资金救助（具体办法由残联部门制定）。
监察、物价等部门：负责配合经办机构对定点医疗机构服务行为、医药收费、药品购销等情况的监督管理，保护广大参合人员的合法权益，为正常有序开展新型农村合作医疗工作提供安全保障。
第三章 合作医疗参合对象
第十一条 凡本县农业人口均可参加新型农村合作医疗。
第十二条 新型农村合作医疗以户为单位所有家庭成员
（含外出务工人员）全部参加，60岁以上与子女分户的农户可列入其有承受能力的子女家庭户内参合。
第十三条 以村委会为单位对参合农民进行造册，并以户为单位按名册人数收取农民自缴经费。各村委会将名册和农民自缴经费上交到合管站，然后统一办理或年审《农村合作医疗证》。
第十四条 参合人员每年缴费一次，实行缴费领证（年审），持证就医。凡间断年度不继续缴费者，不得享受合作医疗待遇， 中途不办理退补手续。
第四章 筹资与管理
第十五条 合作医疗基金主要由农民个人缴费、地方财政补助、中央财政专项补助三部分构成。鼓励、倡导集体经济组织、社会团体和个人扶持捐助农村合作医疗。
第十六条 农民个人缴纳的合作医疗基金由乡镇人民政府组织收缴，同时开具由省级财政部门统一印制的专用收据，并及时转入县财政新型农村合作医疗基金收入专户。
