备案制管理核准取消分支机构的申请分为纳税人申请取消和税务机关提请取消两种方式，分别由纳税人或税收管理员填写《取消增值税、消费税汇总申报申请表》。税务机关将申请信息录入系统后，系统即取消分支机构的汇总申报资格。
七、相关涉税业务管理规定
（一）增值税一般纳税人资格
申请被汇总申报的分支机构为小规模纳税人的，经批准后，系统将自动赋予其增值税一般纳税人资格。分支机构被取消汇总申报资格的，其增值税一般纳税人资格按照增值税一般纳税人资格认定管理的有关规定执行。
（二）纳税申报
汇总申报单位在办理涉及汇总税种的纳税申报时，由总机构统一进行申报，各被汇总单位不需单独申报。系统自动按照税款分配比例将税款分配到各被汇总单位所在地的税款所属税务机关。如统一核算的当月应补退的增值税税额为负数，或者有期末留抵税额的，不参与计算分配。
商业企业办理汇总税种纳税申报时未按实际情况填报《汇总申报税款划分明细表》的，主管税务机关可以取消其汇总申报资格。
（三）纳税证明
汇总申报企业对汇总期间的纳税情况申请开具汇总税种纳税证明时，可以申请开具汇总的纳税证明。汇总申报纳税证明应附《分支机构名单》同时使用。
（四）发票管理
已批准汇总申报的纳税人所用发票的领购、缴销、认证等管理工作统一由总机构负责办理，各被汇总单位不得向税务机关申请领购或代开发票。汇总申报单位之间移送货物不得开具发票。
（五）“免抵”额处理
汇总申报的总、分支机构若实行出口货物“免抵退”税的，退税额及“免抵”额不在各被汇总单位之间分配。
（六）退、抵税（不含出口退税）业务的处理
已批准汇总申报的纳税人需办理增值税、消费税退、抵税业务的，退、抵税申请的受理和审核工作由总机构主管税务机关负责，按照税款分配比例对总、分支机构的已入库税款分别办理应退、应抵税额。
（七）纳税评估及税务检查
已批准汇总申报的纳税人，其纳税评估及税务检查工作统一由总机构主管税务机关负责。分支机构所在地税务机关对分支机构的销售额和生产经营情况有查实权。
（八）注销税务登记及非正常户管理
