项目申报涉及筹资筹劳的应当按照有关规定“一事一议”，经村民民主议事取得同意，并提供村民会议有关决议，按程序提出申报，报县级财政、水利部门。项目申报主体为农民用水合作组织或其他农民专业合作经济组织的，须同时报送合作组织证书复印件。
第十七条 省财政厅、水利厅组织专家对市县申报材料进行评审，评审合格后归类汇总和编制省级申报材料及资金申请文件，连同专家评审意见联合上报财政部、水利部进行合规性审查。
第十八条 小农水专项资金项目审查要严格执行有关评审标准与要求，应当遵循以下原则：
（一）农民自愿原则。项目立项、建设要充分尊重农民意愿，项目建设方案、筹资筹劳方案和管理运行方式要经过项目区农民同意或民主议事通过。
（二）规划指导原则。项目立项、设计应依据县级农田水利规划，以规划为基础；项目施工、建设应按照规划和要求组织实施。
（三）因地制宜原则。根据当地水资源条件、生产实际需要和投资可能，确定项目工程措施和类型，做到经济上合理，技术上可行。
（四）集中连片原则。项目安排要集中资金和技术，连片建设，形成规模，发挥工程的整体效益。
（五）项目统筹原则。县级要依据农田水利规划，按照资金整合的总体要求，统筹考虑各类相关项目的建设方案、项目建设能力等情况，合理安排项目布局、建设内容和规模。省级统筹考虑各项目区实际情况，合理安排重点县建设项目与专项工程项目的建设布局和资金规模。
第十九条 申报材料通过财政部、水利部合规性审查后，省财政厅会同省水利厅下达省以上补助资金。项目县财政局、水利局按照要求编制项目实施方案报所在省辖市财政局、水利局审批后组织实施。各省辖市要将批复文件报省财政厅、水利厅备案。
第二十条 市县财政、水利部门要积极推动小型农田水利设施建设项目管理体制改革，明确产权，落实管护责任，探索、创新和建立长效运行机制，确保工程发挥效益。按照谁受益、谁管护的原则，单户工程应明确产权归农户所有，管护归农户负责；联户工程可由受益农户建立农民用水合作组织，工程产权归其所有并负责管护。
