（四）药品注册处（中药民族药监管处）。
监督实施国家药品标准；监督实施药物非临床研究、药物临床实验质量管理规范；拟订中药饮片炮制规范和民族药（壮药、瑶药）标准并监管实施；初审非处方药目录；承担审核药品、药用辅料、直接接触药品的包装材料和容器的注册工作；承担医疗机构制剂注册的核准工作；组织实施中药品种保护制度。
（五）医疗器械监管处。
监督实施国家医疗器械标准；承担医疗器械注册和监督管理工作；组织实施医疗器械生产、经营质量管理规范；组织开展对医疗器械不良事件的监测、再评价和淘汰工作；承担医疗器械生产、经营企业许可证的核发工作；承担医疗器械广告的核准工作。
（六）药品安全监管处。
监督实施药品生产、中药材生产、医疗机构制剂配制等质量管理规范；承担特殊药品的监督管理工作；组织实施药品分类管理制度；承担药品生产、医疗机构制剂配制、放射性药品生产经营、医疗机构放射性药品使用许可证的核发工作；承担药品委托生产的审核工作；配合有关部门实施国家基本药物制度。组织开展药品不良反应监测和药物滥用监测工作。
（七）药品流通监管处（行政审批办公室）。
监督实施
药品经营质量管理规范；监督实施处方药和非处方药分类管理制度和药品召回制度；监督管理中药材专业市场；承担药品经营许可及监管工作；承担审批药品广告和药品违法广告监测工作；承担互联网药品信息服务和交易行为的许可和监督工作；会同有关部门负责药品招标代理机构资格认定及招标行为的监督；承担特殊药品、
反兴奋剂条例包含药品经营许可和监管工作；负责医疗机构药品使用质量监管和指导药房规范化管理；负责农村药品监督网、供应网建设管理工作；负责行政审批工作。
（八）稽查处。
组织查处餐饮服务食品安全和保健食品、化妆品、药品、医疗器械等的研制、生产、流通、使用方面的违法行为；负责相关突发安全事件的应急处置和产品召回工作；指导和监督本系统的稽查执法工作；组织实施餐饮服务食品、药品、医疗器械、保健食品、化妆品等有关抽验工作，并发布质量公告。
（九）人事处。
负责机关和直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资工作；负责专业技术人员职称评定和执业药师、驻店药师管理工作；监督实施相关涉药从业人员资格准备资格准入制度；承担中国-东盟食品药品安全对外交流与合作工作。
