建立跨界河流水污染综合防治体系。跨界河流相邻地区加强河流水质、项目审批、规划实施等方面的信息通报，联合制定并实施严格的水污染物排放标准、产业准入和结构调整政策，实行水污染物排放的行业标杆管理和企业末位淘汰机制。联合制定跨界河流综合整治和生态修复规划，联合执法，共享污染源监控信息，严控污染物新增量，大力削减污染物存量，联合开展河道综合整治，逐步恢复河流生态系统。到2012年，跨市河流交接断面水质达标率达到80%以上，2015年提高到90%以上。
（四）突出重点，优先解决重大跨界水污染。
以淡水河、观澜河（石马河）、广佛内河涌（西南涌、佛山水道）、独水河等水体污染严重的跨界河流为突破口，齐防共治，集中力量，全力推进跨界河流水污染整治。
1．深惠统筹，治理淡水河跨界污染。
综合治理，优先解决城镇生活污染。加快推进城镇污水集中处理设施建设，2010年底前流域内各镇必须建成污水处理厂并投入使用，新增污水处理能力84万吨/日，并采用高效污水脱氮除磷工艺；完成龙岗河坪地、横岗与坪山河及支流等截污干管工程；清淤疏浚，引水扩容，综合治理面源。2015年前污水处理厂全面提升脱氮除磷水平，2020年前污水截排率达到95%.严格监管，促进产业结构调整。流域内深惠两市禁止新扩建电镀、线路板、糅革、漂染、养殖建设项目，暂停审批电氧化、化工（现有定点基地除外）、发酵以及含酸洗、磷化、表面处理工艺项目，对于截污管网不完善的区域，暂停审批餐饮、桑拿、洗车等污水排放量大的三产项目。污染企业执行从严排放限值，实现全部重点污染源在线监控，重点企业稳定达标排放，关停清退超标排放企业。2015年前，全面清退畜禽养殖企业。
到2020年，淡水河跨界断面水质达IV类标准，其中重金属指标达到Ⅲ类标准。
2．深莞联动，治理观澜河（石马河）跨界污染。
重点提升污水集中处理水平，治理面源。2012年底前，流域内干流与重要支流完成截污，重点推进龙华、华为、观澜、平湖、鹅公岭等污水处理厂升级改造，强化脱氮除磷功能，污水截排率和集中处理达到80%。对于截排范围外的污废水进行分散处理，确保出水达到一级A标准。分阶段清除流域内干流和大小支流河道两岸1000m范围内生活垃圾堆和工业垃圾堆，清除河道污染底泥并妥善处置。对流域内非供水水库进行调度，增加枯水期清洁基流。
优化产业布局，调整产业结构，减少工业污染负荷。根据流域功能区划，生态控制红线内，禁止新增土地开发面积，敏感区域实行退工还林、退农还林，逐步恢复流域的自然下垫面。对未纳入截污范围的区域实行禁批，对重污染行业实行禁批，对耗水型和劳动密集型项目实行限批。清退流域内电镀、漂染、糅革等重污染型和劳动密集型产业，造纸与化肥企业执行《广东省水污染物排放限值》一级标准，不达标企业搬迁或关停。重点污染源、污水处理厂安装在线监测装置，加强监控，杜绝违法排污。
到2020年，观澜河（石马河）跨界断面水质达Ⅲ类标准。
3．广佛同城，共治内河涌污染。
开展河道综合整治。加大巴江河、九曲河、白岭涌、汾江河、花地河、牛肚湾涌、秀水涌、石井河、滘口涌、芦苞涌、西南涌、雅瑶水道、水口水道、白坭河、流溪河、五眼桥涌等整治力度，同步截污，疏浚底泥，防治面源，加大河涌曝气增氧，引水扩容，开展生物原位修复，因地制宜开展生态修复，逐步改善广佛内河涌水质。
加大工业企业和畜禽养殖污染治理力度。区域内工业废水排放执行《广东省水污染物排放限值》一级标准，不达标企业一律关停、搬迁。关停畜禽禁养区内的养殖场。
加大截污管网和污水集中处理设施建设力度。在治理西南涌方面，要提升南海里水镇与官窑截污和污水处理水平，加快石井、三水乐平镇、西南街区、三水农场污水收集与处理设施建设。在佛山水道新建、扩建污水处理厂4座，脱氮除磷深度处理，处理能力达到84.5万m3/d。到2020年，西南涌水质达IV类标准，佛山水道水质基本达IV类标准。
4．综合治理，解决独水河污染。
严格实施产业结构调整与准入政策。流域内漂染、电镀重点污染行业必须达到清洁生产要求。不能稳定达到广东省地方水污染排放一级标准的企业，一律关停或搬迁至配有集中工业污水处理设施的工业园区。禁止审批鞣革、漂染、电镀、发酵等重污染行业、排放一类污染物以及废水排放量大的项目。搬迁或关闭敏感区域内的畜禽养殖场。加快污水集中处理设施建设，完善截污管网，2015年底前新增污水处理能力12万吨/日，并进行深度处理。到2020年，独水河入北江断面总体水质达IV类标准，其中重金属指标控制在Ⅲ类标准以内。
五、全面推进联防联控，加快解决区域大气复合污染
全面实施珠三角清洁空气行动计划，从注重重点行业减排向全面防控转变，从单因子治理向多污染因子综合控制转变，多手段联合推进，稳步提升脱硫成效，全面推进降氮脱硝，协同控制挥发性有机物和氮氧化物，大幅减少颗粒物，构建世界先进的典型城市群大气复合污染综合体系，逐步解决区域大气复合污染问题。
（一）控制挥发性有机物和氮氧化物，协同应对光化学烟雾。
全面实施生产企业的挥发性有机物排放控制。加大石化、化工及含挥发性有机化合物产品制造企业和印刷、制鞋、家具制造、汽车制造、纺织印染等行业清洁生产和污染治理力度，逐步淘汰挥发性有机化合物含量高的产品生产和使用，严控生产过程中逃逸性有机气体的排放。建立工业企业有机溶剂使用量申报与核查制度，纳入重点管理企业名录的企业使用溶剂必须符合环境标志产品技术要求。制定典型行业挥发性有机物排放标准和控制技术规范，强化典型行业有机废气污染治理示范项目建设，完成不符合技术规范企业的技术改造。
加强商用及家用溶剂产品挥发性有机物控制。严格管理干洗行业的干洗溶剂使用，推广使用低挥发性有机物含量溶剂，提高干洗业用溶剂冷凝回收率。逐步实施产品卷标制度和挥发性有机化合物含量限值管理，禁止使用挥发性有机物含量高的非环保型建筑涂料。制定鼓励市民使用低挥发性有机物含量产品的宣传教育计划，倡导消费低挥发性有机物产品。
