各级财政、水利部门共同对各自上报的申报材料的完整性、真实性、合规性负责。
第十六条 重点县建设项目，由县级财政、水利部门依据县级农田灌溉工程规划以及重点县的建设目标和要求，组织编制《小型农田水利重点县建设方案》、《小型农田水利重点县建设标准文本》等申请材料和报告，逐级联合向省财政厅、水利厅申报。
专项工程项目，由符合条件的申报主体提出申报后，县级财政、水利部门负责归类汇总，以县为单位组织编制《小型农田水利专项工程建设方案》和《小型农田水利专项工程建设标准文本》等申请材料和报告，并逐级联合向省财政厅、水利厅申报。
项目申报涉及筹资筹劳的应当按照有关规定“一事一议”，经村民民主议事取得一致同意后，按程序提出申报，并提供村民会议有关决议，报县级财政、水利部门。项目申报以农民用水合作组织为主体的，须同时报送合作组织证书复印件。
第十七条 省财政厅、水利厅负责组织专家对县级申报材料进行评审，确定重点县和专项工程建设内容、资金支持重点，归类汇总和编报省级申报材料、资金申请报告，连同省级专家评审意见联合上报财政部、水利部。
合规性审查通过后，各项目县按照财政部、水利部审查通过的建设方案和标准文本，组织编制实施方案。重点县实施方案由省水利厅、省财政厅组织审查；专项工程实施方案由各设区市水利（水务）局、财政局组织审查，报省水利厅、省财政厅备案。按照批准的实施方案，各项目县开展重点县和专项工程建设。
第十八条 项目审查要严格执行有关评审标准与要求，应当遵循以下原则：
（一）农民自愿原则。项目立项、建设充分尊重农民意愿，项目建设方案、筹资筹劳方案和管理运行方式要经项目区农民同意或民主议事通过。
（二）规划指导原则。项目立项、设计应依据县级农田灌溉工程规划，以规划为基础；项目施工、建设应按照规划要求组织实施。
（三）因地制宜原则。根据当地水资源条件、生产实际需要和投资可能，确定工程措施和类型，做到经济上合理，技术上可行。
（四）集中连片原则。项目安排集中资金和技术，连片建设，形成规模，发挥工程的整体效益。
（五）项目统筹原则。县级统筹考虑实际情况、项目建设能力和各类资金整合，合理安排项目布局、建设内容和规模。省级统筹考虑各项目区实际情况，合理安排重点县建设项目与面上专项工程项目的建设布局和资金规模。
