第二阶段，全面整改阶段（2010年5月--2010年6月）
依法整改各种违反《环评法》、《
建设项目环境保护管理条例》和《
规划环境影响评价条例》等法律规章的行为：
1、对违反《环评法》第三十一条未批先建的工业建设项目，责令停止建设，限期补办手续（在第一阶段就下达），逾期不补办的，处5万元以上20万元以下罚款。对建设单位直接负责的主管人员和直接责任人员，依法予以行政处分。
根据《通知》规定，具体整改情况，按以下要求进行：
（1）对不符合产业政策、布局不合理、不符合环保要求的，责令其拆除设施，恢复原状；
（2）对符合产业政策、选址合理的，限期补办手续，在合法取得环评文件审批同意之前，必须保持停建、停产状态，停止违法；
（3）对按照环评文件要求需搬迁居民或学校而不落实的项目、经现状监测后二氧化硫及特征污染物无环境容量而区域内无有效削减措施以保证环境质量改善的项目，不批准建设，责令另行选址，重新报送环评文件；
（4）对拒不停止建设、不停止生产、未补办环评手续仍违法建设或生产的项目及法人，上报市政府和省环保厅，并在当地电视、报刊上曝光，由政府责成有关部门停水、停电、停贷。
2、规划审批机关违反《环评法》第三十条、《
规划环境影响评价条例》第
三十二条，即对依法应当编写而未编写环境影响篇章或者说明的综合性规划草案和专项规划中的指导性规划草案，予以批准的；对依法应当附送而未附送环境影响报告书的专项规划草案，或者对环境影响报告书未经审查小组审查的专项规划草案，予以批准的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分。
对依据《环评法》、《
规划环境影响评价条例》应当进行规划环评的在编或已编未批的规划，落实规划环评编制单位，指定监办人。对规划环评经费未落实的，按照《
规划环境影响评价条例》第
五条规定落实经费。纳入财政预算并严格支出管理。
