（一）经常性收入核定。医疗服务收入按照前三年医疗服务平均收入，综合分析物价、社会平均收入水平等相关因素，并考虑实行基本药物制度对基本医疗服务收入的影响合理核定，其中药品收入根据药品采购价格和合理用药数量核定；基本公共卫生服务补助收入根据服务人口、单位综合服务成本及核定的公共卫生服务任务的数量、质量核定。
（二）财政专项补助收入核定。基本建设和设备购置等发展建设支出由政府根据基本医疗卫生发展建设规划统筹安排；承担的突发公共卫生事件处置任务由政府按服务成本核定补助；人员培训和人才招聘经费由财政部门根据有关人才培养规划和人员招聘规划合理安排；符合国家规定的离退休人员经费，在事业单位养老保险制度改革前，由财政部门根据国家有关规定核定补助，事业单位养老保险制度改革后，按相关规定执行。
（三）其他收入核定。由财政部门根据以前年度收入水平并综合考虑影响收入的特殊因素合理核定。
第八条 基层医疗卫生机构支出核定
（一）经常性支出核定。人员经费按定员定额的方式核定，核定工资水平要与当地事业单位工作人员平均工资水平相衔接，其中绩效工资按国家相关规定执行；业务经费根据核定的基本医疗服务和基本公共卫生服务任务的数量、质量和成本定额（剔除人力成本）等综合核定，其中药品支出根据药品采购价格和合理用药数量等核定。
（二）财政专项补助支出核定。根据基本建设、设备购置、人员培养和人才招聘、突发公共卫生事件处置等专项工作任务完成的数量、进度、质量、效益等因素确定。
（三）其他支出核定。根据以前年度支出水平并综合考虑影响支出的特殊因素合理核定。
第九条 基层医疗卫生机构核定的经常性收入不足以弥补核定的经常性支出时，差额部分由政府多渠道筹资补偿。
第十条 政府补偿资金渠道及方式
（一）公共卫生服务补助。政府根据基层医疗卫生机构承担的区域内基本公共卫生服务人口数量和重大公共卫生服务工作量给予公共卫生经费补助。基本公共卫生服务人均补助经费用于基层医疗卫生机构的比例不低于90%。
（二）医疗保障基金补助。在基层医疗卫生机构就诊的城乡参保居民，综合改革后的挂号费、诊查费、护理费、床位费和部分医技诊疗费中的增加部分，从医疗保障基金直接结算拨付给基层医疗卫生机构，不再计入医疗机构的收费价格。其补偿的项目、数量、比例和标准，由县（市）、区政府结合当地人口、地理、交通状况及发病率等因素制定。
（三）提高基层医疗卫生机构就医报销比例。调整新型农村合作医疗基金、城镇职工、居民基本医疗保险基金的报销比例，大幅度提高城乡居民在基层医疗卫生机构就医的报销比例，在保证医疗服务质量的前提下，引导城乡居民在基层医疗卫生机构就医。
