第十三条 重点县应加强项目管理，积极推行业主负责制和合同管理制。明确项目业主在项目建设管理中的权利、义务和责任。实行业主负责制管理的项目，涉及技术性较强、需用专业施工队伍完成的建设内容，项目业主与施工单位签订工程施工承包合同，并对项目建设的工程质量、工程进度、资金管理、生产安全和工程管护负总责。
第十四条 在重点县建设中，以农户、农民用水合作组织、村民小组为实施主体的项目建设，按照有关规定，实行“民办公助、以奖代补”；技术性强、需专业施工队伍完成的工程，推行公开比选或招标方式择优确定具有相应资质的施工队伍，需要监理的工程必须实行工程监理，保证工程建设质量。
第十五条 在重点县建设工作中，有关部门要密切配合，履职尽责。财政部门要加强资金监管，水务部门要加强规划计划的编制、工程建设技术指导和质量监督，监察部门要加强项目实施公正性、资金补助合规性、相关人员廉洁性的监察。
第三章 资金管理
第十六条 重点县建设资金，包括中央、省级小型农田水利设施建设专项资金，县级财政投入资金，涉农部门用于重点县建设区域的整合资金，受益区农民的投劳折资等。
重点县县级财政要合理预算开展重点县建设的工作经费和县级补助资金。重点县建设应大力整合扶贫开发、土地整理、新农村建设、农业综合开发等各类涉农资金，在不改变资金性质和用途的前提下，统筹安排，集中使用，优化生产要素配置，发挥综合效应，着力建成小农水示范片。
第十七条 财政部门要严格按照《四川省省级小型农田水利设施建设专项补助资金管理办法》，加强资金管理。积极推行国库集中支付制，确保资金安全。
对重点县建设中使用的大宗设备和批量材料，推行由政府集中采购，按工程建设计划和进度进行补助。
第十八条 在工程建设任务规划范围内，小型农田水利设施建设专项资金实行“先建后补”。各县（区）可根据当地实际情况和项目建设要求，按不同工程类型、规格确定补助标准。专项资金的补助范围主要包括：项目建设材料费、工程设备费、施工机械作业费、项目管理费（含项目论证审查、规划编制、工程设计、技术咨询和信息服务支出）。
