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（1）坚持“条块结合，以块为主”的原则，建立推进生态市建设的工作体系。市政府成立市生态市建设领导小组，组长由市长担任，成员由各区政府、相关职能局的主要领导组成。领导小组研究、决定和部署我市生态市建设的工作规划、重大政策、重大工程等事项。领导小组下设办公室，主任由主管副市长担任，成员由各区政府、相关职能局主管领导组成，办公室设在市国土环境资源局，负责全市生态市建设的组织推动日常工作。各区政府成立由区长为组长的区生态市建设领导小组及办公室，在市生态市建设领导小组的领导下，组织推动本区的生态市建设工作。
在海口市生态市建设领导小组的领导下，建立具体的组织机构和指挥体系。城区水环境治理由市水务局牵头；大气环境治理，由市环保主管部门牵头；城乡绿化建设，由市园林局和市林业局牵头；各区政府根据各自承担的任务，也要成立相应的组织领导机构，明确责任部门。
（2）坚持科学发展观，建立科学民主的生态市建设决策机制。市生态市建设领导小组会议研究决定生态市建设的重大方针、政策；审议全市生态市建设行动计划和各专业工作组的工作计划；部署生态市建设重点工作，对重点工作进行阶段性推动，并考核相关单位任务完成情况。市领导小组办公室联席会议讨论研究生态市建设过程中的重大事项，为市领导小组提供决策建议；推动生态市建设相关规划、计划和市领导小组有关决议的贯彻落实；研究解决生态市建设推进过程中的重大问题。
（3）建立监察、督查机制。市政府监察、督查部门按照《海口生态市建设规划》、《海口生态市建设 2009-2010两年行动计划》、市生态市建设领导小组会议等会议纪要，对相关责任部门进行监察、督查。
（4）建立专家咨询机制。成立生态市建设专家咨询委员会，对生态市建设过程中的重大技术性问题，在提交领导小组会议决策前，预先进行论证。对需要开展专题研究的事项，组织相关领域专家开展科学研究，向领导小组提出对策建议。对生态市建设进行阶段性总体评估。
（5）建立目标责任考核和跟踪评估机制。市领导小组办公室按照《海口生态市建设规划》和《海口生态市建设2009-2010两年行动计划》，起草生态市建市目标责任考核办法，明确生态市建设各专项工作组、各成员单位实施两年行动计划的目标和责任，对完成任务、实现目标、工作成效显著的单位和个人给予奖励。
市领导小组办公室制定两年行动计划跟踪评估方案，以环境质量改善为目标，通过环境监测等科学手段，对地表水环境质量、海水环境质量、大气环境质量、固废处置和资源化利用、饮用水源地保护、重点工业区环境质量改善和农村生态环境保护等重点工作进行跟踪评估。
2. 加强政策研究，落实资金保障
围绕生态市建设两年行动计划重点工程项目的实施，按照污染者付费、开发者保护、制造者回收的原则，针对饮用水源保护、污水处理厂建设和运用、公益性项目资金落实难等生态市建设重大问题，制定相应的经济激励政策，建立社会化、多元化环保投融资机制，推进污染治理市场化进程。
3. 加强科技支撑，提升生态市建设和管理水平
（1）加强环保科研。市科技局负责将重大环保科研项目优先列入海口市科技计划，将于龙塘饮用水源保护、永庄水库饮用水源保护、市中心区地表水体整治等，以及各专项工作组提出的与两年行动计划重点任务密切相关的科研项目列为优先发展项目。
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