基层医疗卫生机构在核定的编制范围内，根据人力资源社会保障部门核准的设岗方案，按照公开、平等、竞争、择优的原则，在职正式人员竞聘上岗，按岗聘用，实行合同管理。对分流人员要区别情况，采取多种方式进行妥善安置。
执行事业单位岗位绩效工资制度的基层医疗卫生事业单位，其正式聘用到岗的工作人员实施绩效工资。县级以上人力资源社会保障、财政部门按照与当地事业单位工作人员平均工资水平相衔接的原则，综合考虑基层医疗卫生事业单位类别、人员结构、岗位设置、事业发展、经费来源等因素，核定其绩效工资总量。绩效工资由基础性绩效工资和奖励性绩效工资组成。其中，基础性绩效工资占60%，奖励性绩效工资参照工作量和实际贡献等因素，根据考核结果发放。
建立以服务数量、质量、效果和居民满意度为核心，公开透明、动态更新、便于操作的工作任务考核机制。卫生行政部门负责组织对基层医疗卫生机构进行绩效考核，财政、人力资源社会保障等部门负责对考核结果进行审核，最终的考核结果与政府补助挂钩。基层医疗卫生机构要完善内部考核制度，对内部职工工作绩效进行考核，考核结果与职工收入挂钩。
基层医疗卫生机构管理体制和人事分配制度改革前，停止受理和审批新设相关机构及机构升格、增加编制和领导职数等事项；停止新进人员、提拔管理人员职务、新聘任专业技术人员职务。
三、保障措施
（一）切实加强组织领导。各市和先行实施国家基本药物制度的县（市、区）政府要高度重视，精心组织，周密部署，把实施国家基本药物制度作为一件大事来抓，切实承担起推行实施的责任。要成立领导机构和工作班子，政府主要领导负总责。各有关部门要根据各自的职责和工作分工落实责任，进一步细化工作安排和具体实施方案，建立和完善实施机制，把各项目标任务和政策措施真正落到实处。
（二）确保政府补助资金及时足额到位。各级政府要切实搞好资金测算，调整支出结构，保证实施基本药物制度政府补助资金的及时足额到位。要强化资金管理，建立健全基层医疗卫生机构财务公开制度，确保政府补助资金分配使用的规范、安全、有效。
（三）抓紧推进各项配套改革。要同步推进基层医疗卫生机构管理体制和人事分配制度等综合配套改革，尽快出台相关配套政策，创新体制机制，调动广大医务人员的积极性，建立充满生机和活力的长效机制，为全面推行国家基本药物制度打下坚实基础。
