业务经费按核定的基本医疗服务和基本公共卫生服务任务的数量、质量和成本定额（剔除人力成本）、合理的药品损耗、设备维护及公用支出等综合核定，其中：公用支出可以参照当地事业单位保障水平及基层医疗卫生机构的实际核定。药品支出按药品采购价格和合理用药数量进行核定，但要考虑药品合理损耗。财政专项补助支出根据基本建设、设备购置、突发公共卫生事件处置、人员培训和人才招聘经费、卫生监督和爱国卫生等专项工作任务完成的数量、进度、质量、效益等因素进行核定。离退休人员经费支出，按照省政府《关于进一步加快乡镇卫生院改革与发展的意见》规定执行。其他支出，按照《医院会计制度》规定项目的上年度水平和一次性变动因素进行核定。
（十二）对经常性收支差额予以补助。根据核定的年度经常性收支预算额度，采取“按月预拨、年终结算”的方式，由县级财政部门按时拨付资金，确保基层医疗卫生机构正常运转。对核定的经常性收入不足以弥补核定的经常性支出的差额部分，通过政府预算等渠道予以足额安排，年终时结合绩效考核结果予以结算。
各地可探索实行“收支两条线”管理，基本医疗服务等收入全额上缴，开展基本医疗服务和公共卫生服务所需的经常性支出由财政核定并全额安排。
（十三）健全基本公共卫生服务经费保障机制。基本公共卫生服务经费采取“季度预拨、年度统算”的办法，县（市、区）财政部门每季度初预拨基本公共卫生服务经费，每年初根据上年度考核结果进行年度结算，确保基本公共卫生服务经费得到落实。
（十四）建立监督考核机制。各级财政、卫生部门要加强对基层医疗卫生机构业务开展情况、财务收支情况以及管理运行情况的监督考核，并将考核结果作为财政补助的依据。省级财政在原有补助水平不变的基础上，继续加大对财政困难县的转移支付力度。具体办法由省财政厅另行制定。
（十五）妥善化解历史债务。县级财政、卫生部门对基层医疗卫生机构截至2009年12月31日前形成的历史债务应逐笔进行认真清理核查，切实摸清情况，分类提出处理意见，原则上基层医疗卫生机构的历史债务由同级政府统筹解决。
四、推进人事分配制度改革
（十六）推进人事编制制度改革。所有基层医疗卫生机构要按照“总量控制、科学设岗、全员聘用、合同管理、同岗同酬”的原则，建立因事设岗、全员聘用的用人机制，基层医疗卫生机构在核定的编制范围内，按照人事部门核准的设岗方案，所有人员竞聘上岗，所有上岗人员全员聘用，实行合同管理，同岗同酬。
