（一）农业部门职责。县级农业部门制定项目实施方案，供种计划；公示良补品种，核实生产面积，加强市场管理；抓好种子质量抽检，对达不到合同要求的种子及时封存、退货或处罚；搞好良种良法技术指导和供种服务，配合财政部门搞好补贴资金结算。同时要加强良种补贴项目管理，按照“县级有良种区域图、乡级有任务落实表、村级有到户清册、户有供种卡”的要求建立良种补贴档案。乡级面积落实表一式两份，分别由乡镇农技站和县农业局保管。实行统一供种的地区，村级分户清册要一式三份，分别用于编制计划、行政公示、财政报账。
（二）财政部门职责。县级财政部门要及时拨付棉花良种补贴资金，做好补贴资金报账结算；加强良种补贴资金管理，确保专款专用；会同相关部门开展棉花良种补贴项目专项检查工作。
（三）中标企业职责。供种企业按合同约定统一供种，确保补贴品种质量达到国家标准，严格履行质量承诺；负责印制和供种清册、供种卡、三联专用收款收据；承担供种站（点）、种子运输、供种人员费用；配合农业部门做好良种良法宣传推介、技术指导、办好高产示范片。
八、供种办法
（一）建立供种网点。由种子企业以县为单位在主产棉乡、镇或专业村设立棉花良种补贴品种固定供种站（点）。
（二）发放供种卡。棉花良补专用供种卡的栏目内容，包括棉农姓名，所在乡（镇）、村（组），种植面积，联系电话，选购品种、数量，供种企业，购种人签名等，每个植棉农户发放一卡。
（三）实行统一供种。由棉种企业将中标品种送到供种站（点），及时、按质、保量供应棉农；棉农凭供种卡按招标价折扣15元/包的价格付款。供种员填写供种卡，加盖公章，开出专用收款收据，建立台帐，登记清册。
九、资金结算
省财政厅在开标后按照招标供种量预拨70％补贴资金，年终根据农业、财政部门逐级审核确定的供种清册和农业部门确认的无种子质量问题书面意见，据实拨付剩余资金。
县级财政部门在签订合同后根据供种合同预拨70%补贴资金，年终根据农业、财政部门审核确定的供种清册和农业部门确认的无种子质量问题书面意见，按照实际供种量与供种企业结算补贴资金。
十、保障措施
（一）强化协调配合。各级要高度重视棉花良种补贴项目，切实把该项目作为稳定棉花生产、增加农民收入的重要举措来抓，加强领导，明确分工，落实责任，密切配合，形成强大合力，推动项目顺利实施。财政部门负责落实补贴资金拨付工作。农业部门负责项目组织实施、制定方案、良种推介、技术服务等工作。其他各部门也要各司其职，各负其责，为良种补贴项目搞好服务。
