（十）安全监督处
承担水利行业安全生产工作；指导水库、水电站大坝等水工程的安全监管；组织实施水利工程质量和安全监督；协调、仲裁跨州（市）水事纠纷，承担重大涉水违法事件的查处；指导水政监察和水行政执法工作。
（十一）云南省防汛抗旱指挥部办公室
组织、协调、指挥全省防汛抗旱工作，对重要江河湖泊和重要水工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度；编制全省防汛抗旱应急预案并组织实施；指导、监督重要江河防汛演练和抗洪抢险工作；组织协调干旱、山洪等灾害防御工作，负责洪泛区、蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作。组织拟订管理和保护河道、湖泊等水域、岸线、河（湖）的规章制度并监督实施；组织指导河道、湖泊管理范围的划定、确权、定界工作和河道管理范围内建设项目、河道采砂监督管理工作；协助查处河道管理范围内的涉水违法案件；指导重要江河、湖泊的整治。
（十二）人事处
负责机关及直属单位机构编制、人事、教育培训等工作。
机关党委
负责机关和直属单位的党群工作。
离退休人员办公室
负责机关离退休人员工作，指导直属单位离退休人员工作。
四、人员编制
云南省水利厅机关行政编制89名（含离退休工作人员编制4名）。其中，厅长1名、副厅长4名、云南省防汛抗旱指挥部专职副指挥长1名（副厅级），正处级领导职数16名（含总工程师1名、总规划师1名、机关党委专职副书记1名、离退休人员办公室主任1名）、副处级领导职数14名（含离退休人员办公室副主任1名）。
五、其他事项
（一）水资源保护与水污染防治的职责分工。云南省水利厅对水资源保护负责，云南省环境保护厅对水环境质量和水污染防治负责。两部门要进一步加强协调与配合，建立部门间协商机制，定期通报水资源保护与水污染防治有关情况，协商解决有关重大问题。云南省环境保护厅发布水环境信息，对信息的准确性、及时性负责。云南省水利厅发布水文水资源信息中涉及水环境质量的内容，应与云南省环境保护厅协商一致。
（二）河道采砂管理的职责分工。云南省水利厅对河道采砂影响防洪安全、河势稳定、堤防安全负责，云南省国土资源厅对保障河道内砂石资源合理开发利用负责，云南省交通运输厅对河道采砂影响通航安全负责。由云南省水利厅牵头，会同云南省国土资源厅、云南省交通运输厅等部门，负责河道采砂监督管理工作，统一编制河道采砂规划和计划，河道采砂的水上执法监管。
