（四）负责防治水旱灾害，承担云南省防汛抗旱指挥部的具体工作。组织、协调、监督、指挥全省防汛抗旱工作，对重要江河湖泊和重要水工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度，编制防汛抗旱应急预案并组织实施。指导水利突发公共事件的应急管理工作。
（五）负责节约用水工作。拟订节约用水政策，编制节约用水规划，拟订有关标准，指导和推动节水型社会建设工作。
（六）指导水文工作。负责水文水资源监测、水文站网建设和管理，对江河湖库和地下水的水量、水质实施监测，发布水文水资源信息、情报预报、水域水质通报和全省水资源公报。
（七）指导水利设施、水域及其岸线的管理与保护，指导重要江河、湖泊及河口、滩涂的治理和开发，指导水利工程建设与运行管理，组织实施具有控制性的或跨州（市）及跨流域的重要水利工程建设与运行管理。归口管理水生态修复和水利风景区建设。
（八）负责防治水土流失。拟订水土保持规划并监督实施，组织实施水土流失的综合防治、监测预报并定期公告，负责有关重大建设项目水土保持方案的审批、监督实施及水土保持设施的验收工作，指导省重点水土保持建设项目的实施。
（九）指导农村水利工作。组织协调农田水利基本建设，指导农村饮水安全、节水灌溉等工程建设与管理工作，协调牧区水利工作，指导农村水利社会化服务体系建设。按照规定指导农村水能资源开发工作，指导水电农村电气化和小水电代燃料工作。
（十）负责重大涉水违法事件的查处，协调、仲裁跨州（市）水事纠纷，指导水政监察和水行政执法工作。依法负责水利行业安全生产工作，组织、指导水库、水电站大坝的安全监管，指导水利建设市场的监督管理，组织实施水利工程建设的监督。
（十一）开展水利科技和水利涉外事务。组织开展水利行业质量监督工作，拟订水利行业的技术标准、规程规范并监督实施。承担水利统计工作。配合水利部办理国际河流有关涉外事务。
（十二）承办云南省人民政府交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，云南省水利厅机关设12个内设机构（正处级）和机关党委、离退休人员办公室。
（一）办公室
负责文电、会务、机要、保密、档案、机关制度建设、财务、综治维稳、信访、信息、宣传、政务公开、信息化等工作。
