根据上述职责，云南省审计厅机关设14个内设机构（正处级）和机关党委、离退休人员办公室。

　　（一）办公室

　　负责文秘、财务、会务、宣传、新闻发布、信息、统计、保密、信访、档案等工作；拟订审计工作的政策、规划和年度计划；承担审计领域对外交流工作；承担举报受理工作。

　　（二）法规处

　　承担有关地方性法规、政府规章草案和制度的起草工作；审理有关审计业务事项；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；承担机关行政复议、行政应诉等工作。

　　（三）财政审计处

　　组织审计省本级预算执行和其他财政收支情况，组织审计中央、省财政转移支付资金，州（市）人民政府预算执行、决算和其他财政收支情况，开展有关专项审计调查。

　　（四）行政事业审计处

　　负责审计省级部门和州（市）人民政府管理的教科文卫专项资金，开展有关专项审计调查。联系协调派出审计处的审计业务工作，汇总部门预算执行审计结果。

　　（五）农业与资源环保审计处

　　组织审计省级部门和州（市）人民政府管理的农业专项资金、资源能源和生态环境保护资金，开展有关专项审计调查。

　　（六）固定资产投资审计处

　　组织审计省级投资和以省级投资为主的建设项目的预算执行情况和决算，开展有关专项审计调查。

　　（七）金融审计处

　　组织审计省属国有金融机构和云南省人民政府规定的省属国有资本占控股或主导地位金融机构的资产、负债和损益，开展有关专项审计调查。

　　（八）企业审计处

　　组织审计省属国有企业和云南省人民政府规定的省属国有资本占控股或主导地位企业的资产、负债和损益，开展有关专项审计调查。

　　（九）社会保障审计处

　　组织审计省级部门、州（市）人民政府管理和其他单位受云南省人民政府及其部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金，开展有关专项审计调查。

　　（十）涉外审计处

　　组织审计国际组织和外国政府援助、贷款项目的财务收支；依法通过适当方式组织审计省属国有企业和金融机构的境外资产、负债和损益；开展有关专项审计调查。

　　（十一）经济责任审计一处

　　负责省级党委、人大、政府、政协、法院、检察院和各人民团体主要负责人的经济责任审计工作；开展有关审计调查。

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