方式一：按同地段1．8（毛）容积率商业基准地价的60%计算补偿款。另外，旧厂房在2010年前完成搬迁的，按上述基准地价的10%追加补偿，在2012年前完成搬迁的，按上述基准地价的5%追加补偿。
方式二：按原用途评估价加工业基准地价奖励计算补偿款。土地及地上建（构）筑物收购价格按照工业用途进行评估，不可搬迁的机器设备按资产折旧评估价格进行评估。对于异地搬迁重建企业，机器设备拆卸、运输、安装、管理费用等纳入补偿范围，并给予同地段工业用地基准地价100%的奖励。另外，旧厂房在2010年前完成搬迁的，按上述工业基准地价60%追加补偿，在2012年前完成搬迁的，按上述工业基准地价30%追加补偿。
（二）原址用地性质不符合规划控制要求，但近期内未纳入储备计划或实施规划建设的，经批准可临时用作除商品房开发建设以外的第三产业，并按规定补交临时使用年期的土地出让金。将来仍符合自行改造或公开出让条件的，仍可按自行改造、补交地价和公开出让、收益支持的方式进行处置。因规划控制为道路、绿地及其他非营利性公共服务设施等原因需征收企业土地时，可按公益征收、合理补偿方式进行处置，企业应当配合政府开展征收工作。
（三）纳入旧城区成片改造范围、且不具备独立开发的旧厂房用地，由政府依法收回，并按照处置方式中的公益用地标准予以补偿。
（四）无合法用地手续，用地行为发生在1987年1月1日之后、2007年6月30日之前（不符合历史用地登记确权），且土地实际使用人已与村集体或农户签订了征地补偿协议并进行补偿，符合土地利用总体规划和改造规划的，按照用地发生时的土地管理法律法规落实处理（处罚）后，由土地实际使用人按照《若干意见》第十七条的有关规定先行完善用地手续后，按上述（一）的3种方式进行处置。
二、村集体用地的处置
（一）处置方式。
用地行为发生在1987年1月1日之前，或已取得《同意使用土地通知书》或《建设用地批准书》的集体建设用地，可按以下方式处置：
1．自行改造。
（1）村集体经济组织可依规划自行改造用作除商品住宅开发以外的经营性开发项目。村集体经济组织自愿申请转为国有土地的，暂缓收取土地出让金。发生转让的，转让前须按规定计收土地出让金。
（2）集体旧厂房用地用于商品住宅开发的，应当转为国有土地。其中连同旧村一并改造的，可补办协议出让手续，并按规定计收土地出让金。
2．公开出让，收益支持。
集体旧厂房用地转为国有用地后，商品住宅以外的经营性项目用地，村集体经济组织可申请交由政府组织公开出让。用于商品住宅开发且不与旧村一并改造的，必须由政府统一组织公开出让。
土地公开出让后按照出让成交价格的60%补偿给村集体经济组织，用于“城中村”改造、村庄整治、村内基础设施和公益事业项目建设。
土地出让成交后因规划调整使地价款发生增减的，已确定的土地收益补偿款不再调整。
3．依法流转改造。
集体旧厂房用地可依法流转后由其他主体进行改造。保留集体土地性质的，按照集体建设用地流转的相关规定办理，转为国有土地后转让的，转让前须按规定计收土地出让金。
4．依法征收。
集体旧厂房用地规划控制为道路、绿地及其他非营利性公共服务设施用地的，由政府依法征收，并按现行征地补偿的有关规定给予补偿。
（二）结合村留地管理和“城中村”改造。
无合法用地手续，用地行为发生在1987年1月1日之后、2007年6月30日之前，符合土地利用总体规划和改造规划，按照用地发生时的土地管理法律法规落实处理（处罚）后，符合以下条件之一的，可在完善集体建设用地审批手续后，按上述（一）的3种方式进行处置。
1．补办手续的用地用于兑现留用地指标，
2．留用地指标额少于（含无留用地指标）改造项目用地面积，但改造项目符合现代产业发展要求，且仍有未征用的农用地可预支留用地，
