市政府办公室下属：▲机关事务管理局、▲地方志办、▲住房公积金管理中心、▲投资服务中心、▲代建局、▲驻北京联络处、流动人口管理局、采购中心、机关幼儿园、第一机关幼儿园

部
　　门
　　直
　　属

发展改革局下属：△国民经济动员办、△重大项目稽查办、△粮食监理所、△重点建设项目管理办、宏观经济运行监测中心

经贸局下属：△汽车工业发展办、△酒类专卖执法队、能源利用监测站、节能监察中心、经济协作服务中心、中小企业投诉中心（中小企业服务中心）

港务局下属：△大亚湾分局

科技局下属：△地震办

安监局下属：安全生产教育训练中心

外经贸局下属：△WTO事务咨询中心

规划建设局下属：△陈江片规划办事处、△水口片规划办事处、△小金口片规划办事处、▲散装水泥办、▲施工安全监督总站、▲城市规划编制研究中心、▲建设工程质量监督站、▲建设工程造价管理站、▲城建档案馆

妇联下属：第二幼儿园

人口计生局下属：△宣教中心、△流动人口办、△计生目标考核办、△计生协会、药具站、计生服务中心

交通局下属：△交通战备办、▲交通管理总站、▲地方公路管理总站、▲交通工程质监站、交通工程造价站、航空铁路办、直属分局地方公路站、直属分局交通管理站

民政局下属：△老龄办、△民间组织管理局、救助管理站、军队离休退休干部休养所

财政局下属：△国库支付中心、▲收费管理总站、▲票据监管中心、产权交易所、注册会计师协会

人事局下属：▲人才交流服务中心（人才引进管理办公室）、人事考试中心

第三类单位（财政核拨的事业单位和使用事业编制的单位，共166个。其中，△为实施公务员制度管理使用事业编制的单位，共44个；▲为参照公务员制度管理的事业单位，共58个）

劳动保障局下属：△劳动保障信访室、△劳动争议仲裁办、△劳动能力鉴定办、▲社保基金管理局、▲劳动保障监察支队、▲涉外劳动就业服务管理中心、劳动保障信息管理服务中心、劳动就业服务管理中心、企业退休人员社会化管理服务中心、职业介绍服务中心

部
　　门
　　直
　　属

老干部局下属：老干部活动中心

审计局下属：△企业审计分局

统计局下属：△统计法规检查所（挂法规科牌子）、△数据处理中心（挂电脑科牌子）、▲普查中心

环保局下属：△核应急办、△陈江办事处、△水口办事处、△横沥办事处、▲固体废物管理站、▲环保监测站、东江整治办、环境宣教中心、环境信息中心

物价局下属：△物价监督检查分局、▲价格成本调查队、价格监测中心、价格调节基金办、

文化广电新闻出版局下属：△文化市场管理办、博物馆、图书馆

卫生局下属：△爱卫办、▲卫生监督所、健康教育所、医学会

海洋渔业局下属：▲海洋与渔业环境监测站、水产技术推广站

林业局下属：△绿委办、△保护办、△生态办

外事侨务局下属：△对外友好协会

农业局下属：△扶贫办、△菜篮子工程办、△农村财务审计办、△农业机械化管理办、▲农产品质量安全监测中心、▲农机安全监理所、▲动物卫生监督所、动物疫病预防控制中心、农机技术推广站

水利局下属：△三防办、▲水政监察支队、河涌管理处、江北、惠州大堤管理处、潼湖水利工程管理处

国土资源局下属：△国土分局、▲土地储备中心、▲土地开发整理中心、征地服务中心

公用事业局下属：▲市政道路桥梁管理处、▲市政动迁工程办、▲公用信息办、城市照明管理处、排水管理处

教育局下属：▲招生办（教育考试中心）▲电教站、▲勤工俭学办、教研室、第一中学、第八中学、实验中学、特殊学校

第三类单位（财政核拨的事业单位和使用事业编制的单位，共166个。其中，△为实施公务员制度管理使用事业编制的单位，共44个；▲为参照公务员制度管理的事业单位，共58个）

法制局下属：▲治理公路“三乱”举报监察站

信息产业局下属：▲无线电监测站

司法局下属：▲公职律师事务所、司法干警培训处

爱卫办下属：▲除"四害"监测监督管理站

旅游局下属：▲旅游质量监督管理所

惠州海事局下属：海上应急搜救中心

宣传部下属：△国有文化资产监督管理办

园林局下属：公园管理处

台办下属：台联会、澳头台湾渔民事务工作站

惠州学院

象头山国家级自然保护区管理局

南昆山省级自然保护区管理处

罗浮山省级自然保护区管理处

大亚湾水产资源省级自然保护区管理处

惠东港口海龟国家级自然保护区管理局

惠东古田省级自然保护区管理处

广东省惠东莲花山白盆珠省级自然保护区管理处

第四类单位（财政核补、自收自支或称收支两条线的事业单位，共158个）

数码工业园区管委会

市