（一）支付范围。按新农合方案规定的病种、诊疗项目、基本药品目录范围和定点医疗机构相应补偿标准给予结算。
（二）支付方式。
1．定点医疗机构垫支，实行参合者就医后费用现场限额直接补偿。
2．参合者垫支，实行参合者就医后垫付医药费用，回转诊的镇（乡）级定点医疗机构或经办机构结算。
3．经办机构每年年初按定点医疗机构或定点机构所在区域参合人数月均筹资额核定新农合结算支付周转金，以后每月按审核认定的实际结算费用报区（县）财政，由财政专户直接拨付。
（三）结算的运行管理费用。定点医疗机构或定点机构承担参合者医药费用结算的一切费用纳入机构预算管理。
第二十二条 区（县）经办机构应根据核准的基金年度预算及定点医疗机构审核认定的月支出结算金额，按月填写财政部门统一印制的用款审核书（附件3），并加盖本单位公章后，在规定的时间内报送同级财政部门。财政部门对用款申请审核无误后，应在规定的时间内将基金从财政专户拨入定点医疗机构或区（县）经办机构。对不符合规定的凭证和不符合用款手续的，财政部门有权责成经办机构予以纠正。
第二十三条 经办机构要建立健全相关规章制度，加强对定点医疗机构医药费用的监管，及时结算定点医疗机构垫付的医药费用；探索通过采取单病种付费、总额预付、预付制与后付制相结合等措施，控制医药费用支出，提高基金使用效益。
第二十四条 定点医疗机构要履行与新农合经办机构签订的服务协议，遵守新农合相关规定，严格执行诊疗护理规范和操作规程，实行双向转诊制度和首诊负责制，配备专（兼）职管理人员做好新农合参合者医药费用结算支付，接受管理部门和经办机构、参合者及社会的广泛监督，为参合农民提供优质低廉医疗服务。
第五章 基金结余
第二十五条 基金结余是指统筹（含风险基金）基金收支相抵后的期末余额。
第二十六条 基金管理应遵循保障适度、收支平衡、略有结余的原则。
统筹基金累计结余一般应不超过当年筹集的统筹基金总额的25%，其中当年统筹基金结余一般应不超过当年筹集的统筹基金总额的15%（含风险基金）。
