第六条 次级河流综合整治的项目进度目标和水质目标由市政府办公厅根据次级河流综合整治方案逐年下达。
第七条 水质监测由市环保局统一组织实施。设有水质自动监测站的断面，以监测数据的年平均值作为考核依据；未设水质自动监测站的断面，以每年2月、5月、8月和11月上旬各2次例行监测数据的年均值作为考核依据。水质监测要求和质量控制按市环保局相关规定执行。监测数据及时向各区县（自治县）人民政府、市政府有关部门、有关单位通报。
第八条 考核工作采用百分制，区县（自治县）人民政府得分由项目进度目标50分和水质目标50分组成。考核计分公式为：
（公式略）
若考核断面达不到目标浓度且水质好于上年，则按以下公式计算：
（公式略）
W上年-上年实测浓度，W本年度实测浓度-本年度实测浓度；
W本年度目标-本年度目标浓度。
若考核断面达不到目标浓度，且水质劣于上年，则不得分。
如果考核断面的上游断面年均浓度超过考核断面的年度目标浓度，则考虑上游断面的影响对考核断面的浓度进行修正。如果考核断面的上游断面年均浓度未超过考核断面的年度目标浓度，则不考虑上游断面的影响。
牵头的市政府部门得分由项目进度目标50分和推进工作50分组成，考核计分公式为：
S（总）＝S（进度）＋S（推进）
S（进度）按区县（自治县）人民政府进度得分公式计算。
S（推进）得分由以下内容组成：成立领导机构、建立机制占10分；督促区县（自治县）完成次级河流综合整治方案并落实责任占10分；每季度召开协调会议占20分；按要求报送进度和自查报告占10分。
第九条 考核结果90分以上（含90分）为好，得分在80-89分（含80分）为较好，得分在70-79分（含70分）为一般，得分在70分以下为差。
第十条 市三峡库区水污染防治领导小组办公室负责牵头组织对次级河流综合整治的考核。每年1月10日前，有关区县（自治县）人民政府和牵头的市政府有关部门将上年度次级河流综合整治工作的自查报告报送市三峡库区水污染防治领导小组办公室。每年3月底前，市三峡库区水污染防治领导小组办公室将考核结果报市三峡库区水污染防治领导小组会议审定。
