第六条 对按因素法、系数法分配的市县部分专项资金，由省财政厅会同省环保厅按照各市、县（市、区）上年度上缴排污费金额、主要污染物削减量、环境质量状况等因素以及省级专项转移支付系数，将专项资金预算下达到各地；省财政厅和省环保厅不再另行组织项目申报。
第七条 按项目法分配的专项资金，省级部分由省属企业按照《指南》要求提出项目申请，由当地财政、环保部门或由其省级主管部门初审后，向省财政厅和省环保厅申报；环保科技应用类项目，由各市、县（市）财政、环保部门按照《指南》要求组织项目申报。省财政厅会同省环保厅组织对申报项目进行审核、筛选，必要时可组织联合调研和专家评审论证，根据审核意见确定补助项目并下达资金预算。
项目申报截止时间原则上为每年8月底，逾期不予受理。
第三章 专项资金预算下达和使用
第八条 省财政厅会同省环保厅根据上述专项资金分配办法，将专项资金预算下达到各市、县（市）财政部门。对按因素法、系数法分配到各市县的专项资金，由当地财政部门会用环保部门根据专项资金补助范围和原则、年度支持重点和预算指标，提出具体项目分配方案，并于省级预算下达后2个月内报省财政厅和省环保厅备案。
第九条 各地财政、环保和省级有关部门要根据年度分配方案，及时将补助资金拨付给项目单位，并督促项目单位抓紧项目建设，认真落实配套资金，确保项目按进度实施。
第十条 项目单位应严格按照国家和省有关财务制度规定使用专项资金，并加强财务管理和会计核算，严格控制开支范围和标准，提高资金使用效益。
第四章 监督管理
第十一条 专项资金的使用应接受财政、环保、审计部门的监督和检查。各市、县（市、区）财政、环保部门要加强对专项资金使用情况和项目执行情况的监督检查，督促项目单位严格按规定使用专项资金，实行专款专用，严禁截留、挪用或转作他用，确保项目建设进度。各地应在每年6月底前将上年度专项资金安排使用和补助项目建设进度等情况，报省财政厅和省环保厅。
