(三)多数省份配套经费未完全落实。新疆自治区、新疆生产建设兵团、青海省、山东省、云南省和重庆市本级财政没有落实项目配套经费。而项目所涉及各市、县，大多数为贫困地区或经济落后地区，地方财政非常困难，难以落实配套经费。由于没有配套资金或配套资金保障不足，使得各级疾病预防控制中心额外承担了大量项目工作经费，致使部分县级疾病预防控制中心因承担多个项目工作而负债运转，职工下乡差旅费长期无法兑现，工作积极性受到严重挫伤。有的地区，甚至在中央补助专项资金中截留部分经费，用于工作经费，如重庆市在执行燃煤型地氟病综合防治项目过程中，从中央专项炉灶改良经费中抽取部分工作经费，致使国家安排每户改炉改灶补助200元的经费标准出现较大缺口。
　　(四)项目安排重点不突出，资金投入过于分散，有的省甚至将项目安排在非病区或已控制病区，违背了项目初衷。新疆自治区将碘缺乏病防治项目经费安排到全区96个县，每个县最多只能获得1万元。新疆生产建设兵团将碘缺乏病防治项目经费安排到14个师疾病预防控制中心，没有针对当地实际情况，集中资金解决重点问题。新疆自治区在安排高氟(砷)改水工程监督、检测项目中，有个别县是非病区安全饮水工程。湖北省在燃煤型地氟病改炉改灶项目安排中，也有个别县为已控制病区。云南省去年安排1400户，将今年600户的旧炉维修算作燃煤型地氟病改炉改灶项目任务。
　　(五)项目管理不够规范，资料立卷归档不齐全。新疆生产建设兵团、青海省均未以正式文件下发《项目管理实施方案》、《项目技术方案》。一些项目县的项目活动，无据可查(如重庆市、新疆自治区、新疆生产建设兵团、青海省)，相关资料 (包括原始检验记录等)立卷不齐全、归档不规范。
　　(六)燃煤型地氟病综合防治项目进展缓慢。重庆市多数项目县未完成基线调查、炉灶及配件的招标工作；四川、湖北、云南省仅有部分县完成了招标，上述四省、市均未开展改炉改灶。
　　(七)基层项目执行能力不足。究其因，一是普遍缺少执行项目必备的专用仪器、设备，如：碘、氟、砷检测设备和项目资料管理的微机；二是地方病防治专业队伍不稳定，项目执行人员变动频繁，工作缺乏延续性；三是专业技术人员缺乏执行项目的经验，甚至不熟悉地方病防治专业基础知识。
　　(八)水砷筛查项目缺乏后续工作经费。新疆自治区拜城县今年水砷筛查发现超标水源约占 70％，水砷含量最高可达5．4mg／L。四川省水砷筛查目前发现有超标水源10个，按照国家地方病防治项目技术方案的要求，须对水砷超标村进行水砷普查和病情调查，由于缺乏经费，使得大量后续工作无法保证。

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