行政事业单位资产清查工作按照“统一政策、统一方法、统一步骤、统一要求和分级实施”的原则，由各级财政部门按行政隶属关系组织本级政府管辖范围的行政事业单位开展资产清查工作。各主管部门按照财务隶属关系负责组织所属单位资产清查工作。财政部对中央部门和全国各省（自治区、直辖市、计划单列市）的资产清查结果进行统一汇总。其中：
（一）对于近三年已经进行过行政事业单位资产清查工作的地方，允许在以前工作的基础上，按照此次资产清查的统一政策和要求对其资产清查结果进行补充、调整，审核更新有关数据后，汇总上报。
（二）中央级行政事业单位资产清查，首先由部门（单位）进行自查，然后请社会中介机构对自查结果进行专项审计及相关工作。各部门（单位）向财政部上报的资产清查工作结果报告，应当包括社会中介机构出具的专项审计报告。参与资产清查专项审计工作的社会中介机构，由财政部统一招标确定。
地方各级财政部门组织开展本级行政事业单位资产清查时，自行确定社会中介机构参与工作的方式。
（三）经过清查的固定资产，要按照财政部的统一要求建立健全账卡，为资产管理信息系统建设奠定基础。
（四）资产清查工作结束后，各级财政部门、主管部门、行政事业单位应当根据《行政事业单位资产核实暂行办法》（另行制订）和实际情况，对资产清查结果逐步予以核实认定。财政部门、主管部门、行政事业单位在资产清查结果核实、资产损溢认定等方面的具体权限，由省级以上财政部门根据此次资产清查工作的具体情况另行确定。
四、工作内容和步骤
根据《
行政事业单位资产清查暂行办法》（财办[2006]52号）有关规定，相关部门和单位应当做好基本情况清理、账务清理、财产清查和完善制度等项工作。具体步骤如下：
（一）准备阶段（2006年9月－12月）。
1．研究确定资产清查报表。
2．组织开发资产清查工作软件。
3．拟订有关资产清查的工作文件。
4．组织开展资产清查试点工作，修正报表和软件。
5．对中央部门和各省（自治区、直辖市、计划单列市）财政部门进行业务培训。
6．财政部组织招标，确定参与中央级行政事业单位资产清查专项审计工作的社会中介机构。
7．中央部门、各地区组织本系统、本地区的培训，布置开展资产清查工作。
