1．转为科技企业实行属地化管理的科研机构，其科学事业费和房改经费按照2000年核定的正常经费预算指标，作为下划地方的经费指标。
2．进入企业(集团)和转为中央直属科技企业的科研机构，其科学事业费和房改经费按照2000年核定的正常经费预算指标，由原主管部门管理变更为直接归口科技部管理。
3．划转其他部门管理的科研机构，其科学事业费和房改经费按2000年核定的正常经费预算指标随财务关系变更相应划转和变更。转制方案中撤销的科研单位内设机构，其科学事业费留归原所属科研机构。
三、科学事业费专项经费及科研课题、项目经费的管理
按照国家科技发展计划，由转制科研机构承担并正在实施的国家基础研究、攀登计划等项目，以及已经批准的科研课题和科技项目等仍按原计划继续组织实施，有关经费由科技部按照改制后的预算管理渠道继续拨付并管理。
四、行业技术工作经费
按照财政部、科技部《国家经贸委管理的10个国家局所属科研机构管理体制改革中若干财务和资产管理问题的通知》(财公字(1999)439号)规定，技术开发型科研机构减拨的事业费，从1999年起全部转作科研院所技术开发研究专项资金。建设部等11个部门原行业技术工作经费自2001年起，纳入国家科研院所技术开发研究专项资金，由科技部、财政部负责管理。
五、转制科研机构适用财务会计制度问题
进入企业(集团)、转为中央直属大型科技企业、转为科技企业实行属地化管理的科研机构，可以执行相应的企业财务会计制度。
转制后保留事业单位性质的科研机构继续执行科学事业单位财务会计制度。并入高等学校的科研机构，可以执行高等学校财务会计制度；执行高等学校财务会计制度有困难的，可以暂时执行科学事业单位财务会计制度。
六、转制中的国有资产管理
科研机构转制为企业的，其国有资本的核定，以其财务主管部门批复的1999年度财务决算为基础，比照财政部《关于国家经贸委管理的10个国家局所属科研机构转制中有关国有资本核定问题的通知》(财管字[1999]276号)执行，并区别以下情况办理：
1．转制为国有企业的，根据经过主管部门审核的《科研机构转制国有资本金审核表》向主管财政机关直接申请办理产权登记；
