城市商业银行联合和跨区域发展是城市商业银行进一步改革、创新和发展的重要内容。要严格按照风险评级结果和准入标准，制定城市商业银行发展的目标和规划。鼓励在综合处置不良资产基础上进行重组改造和重组联合。支持经营状况好、管理能力较高、创新能力较强的城市商业银行实现跨区域发展，按照全国性股份制商业银行市场准入和监管要求，确定机构发展和监管原则。鼓励同一行政区域和经济区划内尚不具备跨区域发展条件的城市商业银行在自愿的前提下，按照市场原则实现资本重组和联合，有效整合金融资资源，进一步拓展城市商业银行市场空间，提高其抗风险能力和市场竞争力。支持城市商业银行按照市场化原则收购、兼并周边地区城市信用社。稳步推进城市商业银行机构向本行政区域内经济金融发展状况良好、城市化程度较高的市辖县和县级市延伸，扩大覆盖范围，完善服务功能。支持城市商业银行按照市场原则收购国有商业银行撤并的机构和网点，实现机构的延伸。按照城市信用社处置方案予以保留的城市信用社，在资产规模增长、资产质量改善和综合管理能力提高后，地方政府有成立城市商业银行意向并愿意采取有效措施处置或剥离其不良资产的，在符合监管部门制定的准入标准的条件下可以继续组建城市商业银行。
以公司治理为重点，进一步完善城市商业银行的治理机制。强化内部控制，建立持续发展和风险防范的制度保障。
建立良好的公司治理结构，转换经营机制，是城市商业银行改革与发展的核心和关键。城市商业银行要抓住当前的有利时机，根据《
股份制商业银行公司治理指引》和《
股份制商业银行独立董事和外部监事制度指引》的要求，积极吸收和借鉴国内外商业银行公司治理的成功经验，从2004年起用3年的时间分步骤完成城市商业银行公司治理建设，建立起股东大会、董事会、监事会和高级管理层“三会一层”协调统一、合理制衡的管理体制和科学有效的决策、执行、监督、激励和约束机制，全面提升城市商业银行公司治理质量。要强调对高管人员金融从业经验的认证和加强他们专业技能、管理知识的培训。继续贯彻金融机构内部控制的指导原则和其他内部控制的要求，建立有效的内部控制运行机制，规范城市商业银行经营管理行为，有效防范风险。
根据上述总体目标，2004年内各城市商业银行应建立“三会一层”的组织架构，制定和落实有关议事程序和规则，并使之制度化、规范化。组织成立董事会下设的专门委员会或专门工作小组，尤其要建立薪酬和提名、审计和风险控制等专门委员会或专门工作小组等组织体系和相关制度。2006年内按照银监会的要求，各城市商业银行要真正建立和培育起组织健全、运行稳定、制度完善、管理有效的城市商业银行公司治理体制；要根据内部控制的指导原则，确定内部控制的目标、原则和规划，并逐步建立和完善各项内控规章制度和工作流程，强化内控机制运行和有效发挥作用的管理和监督约束机制，保证内部控制机制能够在银行日常运营和风险控制方面发挥有效作用。
