4.坚持企业作为技术创新主体，同时强调研发机构、科技企业孵化器及各类科技中介机构在增强区域创新能力中的不可或缺的作用；
5.坚持自主创新与对外开放相结合，通过自主创新增强区域和企业的核心竞争力，通过加强国际合作来不断提高国家高新区技术创新的研发起点；
6.坚持推进重大科技成果产业化与鼓励市场引导下的企业自主研发、孵化有机结合原则；
7.通过区域技术创新增强对周边地区形成扩散和辐射带动力；
8.实行分类指导的原则，对智力密集的中心城市和副中心的工业城市及欠发达地区的国家高新区给予差别化指导，引导和鼓励各地国家高新区围绕本地产业特色，建立与之相适应的技术创新目标和体系。
三、总体目标
通过实施以营造创新创业环境、增强技术创新能力为核心的“二次创业”发展战略，使国家高新区真正成为：
高新技术研发、孵化和产业化的基地；
培育、造就高新技术企业和科技企业家的摇篮；
深化科技、经济体制改革与创新的试验区；
高新技术产业发展的密集区；
高新技术产品出口的重要基地；
改造和提升传统产业的技术辐射源。
以强化上述功能为核心，努力使国家高新区成为我国自主创新的核心基地，成为实施科教兴国、人才强国和可持续发展战略、全面落实科学发展观的示范区，为推动新型工业化、实现全面建设小康社会的宏伟目标提供强大的科技创新动力和经济实力。
2010年底，国家高新区高新技术企业将达到4万家；高新技术产品年收入在目前基础上翻一番，达到2万亿元；授权发明专利数也翻一番，接近2万项；R&D人员的人均R&D经费争取达到15万元；国家高新区内各类企业的R&D经费占产品销售额比例达到4％（其中高新技术企业为5％以上）；R&D人员比例争取达到20％，吸引R&D人才120万人；从国家高新区内的科技企业孵化器累计毕业高新技术企业约1.5万家。国家高新区的技术创新能力将显著提高。
力争在微电子领域（如CPU产业）、系统软件、中药现代化、生物工程、纳米技术、通信技术、新材料、先进制造技术等领域，通过技术创新使现有产业技术含量达到国际中等或先进水平，并占有较大的国际市场份额，通过技术创新的重大突破，培育新型战略支柱产业。
增强国家高新区在区域经济发展中的作用和地位。通过加强高新区的技术创新，使珠江三角洲、长江三角洲、环渤海等沿海地区的国家高新区积极实施“走出去”战略，在更深层次和更广阔的领域参与国际产业分工、合作与竞争，使东北地区以及中西部地区的国家高新区在东北老工业基地振兴、西部大开发和中部经济崛起中发挥更大的示范、先导和辐射带动作用。
