2001年，工作重点是继续加强和完善规章制度建设，制订《科技经费监管条例》、《非营利组织财务管理模式》等制度。积极与国家财政部门协商，制订项目管理费的计提、使用及管理办法。各项目管理部门及项目实施管理单位也必须建立相应的规章制度，并通过监督检查以巩固改革和创新的成果，推动新建立的科技计划项目及项目经费管理体制、机制及模式的正常运行。
2002年，于十六大之前，在总结经验的基础上建立起科学、规范、易于运作的集管理、制约和监督于一体的科技计划管理体系，保证科技计划项目的良好实施和项目经费的安全运行，努力从源头上预防科技部工作人员不良行政行为和腐败问题的发生。
三、具体措施和办法
(一)加强对反腐败抓源头工作的领导。科技部系统各级党政领导，要加强责任意识，把创新的科技管理体制、机制及模式和反腐败抓源头工作结合起来并落到实处，有效地预防项目立项审批、项目经费管理中不良行政行为和腐败问题的发生，从管理制度和工作流程上减少、避免个人或少数人决定项目立项和经费配置、使用上的 "暗箱操作"行为。一把手要负起全面把关的责任。此外，科技部要加强对所属事业单位在实施项目管理和财务管理工作中的领导和监督。
(二)加强权力之间的制衡。按《国家科技计划管理规范》的要求，在计划和财务管理部门与项目管理部门之间加强监督和制约，从制度上将项目确立权和经费配置权相分离。各部门要制订内部工作制度和程序，在上下之间、处(室)之间确立有效联系又相互制约的工作关系。
(三)推动公示制度的实施和完善。有关部门要把项目确立、经费配置、项目经费(含项目管理费)的管理和使用以及相关的办事程序、职责、纪律、时限、结果等情况，采用各种形式，向部门内外公开，加大工作的透明度，自觉接受内外部的监督，实行政务公开。
(四)建立项目责任人制度。要强化部机关项目管理人员的责任意识，从立项、实施管理到结题验收的每个阶段，都要求项目责任人提交文字报告并签名认定，以此作为其政绩考核和责任追究的依据。
(五)加强人员管理，提高干部素质。加强对部机关和部属事业单位工作人员的思想政治教育和相关业务知识的培训，提高其综合素质、廉政勤政意识和科技管理水平。同时，按《国家公务员管理条例》的要求，加大人员定期轮岗的力度，尤其是对项目和经费管理等重点工作岗位上的工作人员更要有计划、有步骤地轮岗，并形成制度。
