（一）因纳税人硬盘损坏等原因造成软盘中专用发票份数小于IC卡的，必须要求纳税人提供当月开具的全部专用发票，通过认证子系统进行扫描补录，并经过报税子系统中的“非常规报税／存根联补录补报”采集。
（二）因纳税人更换金税卡等原因造成软盘中专用发票份数大于IC卡（不含IC卡为零的情况）的，其软盘中所含专用发票销项明细数据可经过“非常规报税／软盘补报”采集，但当月必须查明产生此种不一致情况的原因并采取措施解决。
（三）因纳税人计算机型号不匹配造成IC卡中专用发票销项数据为零的，根据系统提示，其软盘数据存入报税子系统或要求纳税人持专用发票到征收机关通过认证子系统进行扫描补录，并经过报税子系统中的“非常规报税／存根联补录补报”采集。
（四）申报征收岗位人员因纳税人软盘质量问题致使无法采集专用发票销项数据的，须要求纳税人重新报送软盘。
二十二、申报征收岗位人员对使用Windows版开票子系统的纳税人的报税进行审核，一致的，存入报税系统；对因更换金税卡或硬盘损坏等原因，不能报税的，区别不同情况处理：
（一）因纳税人更换金税卡等原因造成纳税人实际开具专用发票份数大于IC卡的，应要求纳税人提供当月开具的全部专用发票，通过认证子系统进行扫描补录，并经过报税子系统的“非常规报税／存根联补录补报”采集；如扫描补录有困难的，可以通过纳税人开票子系统传出报税软盘，并经过报税子系统的“非常规报税／软盘补报”采集。
（二）因纳税人硬盘、金税卡同时损坏等原因不能报税的，纳税人必须提供当月开具的全部专用发票，通过认证子系统进行扫描补录，并经过报税子系统的“非常规报税／存根联补录补报”采集。
二十三、纳税申报期结束后，申报征收岗位人员必须运用报税子系统查询未报税纳税人名单，并要求其限期报税，以便采集专用发票销项数据；在专用发票销项数据传入稽核系统前，对逾期来报税的纳税人，可经过报税子系统中的“非常规报税／逾期报税”采集。
申报征收岗位人员对上月漏采的专用发票销项数据，必须经过“非常规报税／逾期报税”采集。对注销或取消增值税一般纳税人资格的纳税人当月开具的专用发票销项数据，经过“非常规报税／注销一般纳税人资格纳税人报税”采集。
二十四、实行上门申报且纳入防伪税控系统管理的纳税人，申报和报税应同时进行；实行远程申报且纳入防伪税控系统管理的纳税人，须在申报资料报送成功后，再到申报征收窗口报税。
未纳入防伪税控系统管理的纳税人不必进行税控IC卡报税。
二十五、申报征收岗位人员完成专用发票销项数据采集工作后，税控IC卡暂不解锁，应操作一窗式票表税比对软件进行比对。
二十六、票表税比对包括票表比对和表税比对。票表比对是指申报征收岗位人员利用认证系统、报税系统及其它系统采集的增值税进、销项数据与纳税申报表及附列资料表中的对应数据进行比对；表税比对是指利用申报表应纳税款与当期入库税款进行比对。
二十七、对纳入防伪税控系统管理的纳税人，票表税比对工作应在税控IC卡报税成功后即时进行；实行上门申报且没有纳入防伪税控系统管理的纳税人，票表税比对工作在受理申报时同时进行；实行远程申报且没有纳入防伪税控系统管理的纳税人，票表税比对工作应在其申报后及时进行。
二十八、票表税比对内容
（一）销项比对
用防伪税控报税系统采集的专用发票销项金额、税额汇总数与《增值税纳税申报表附列资料（表一）》中第1、8、15栏“小计”项合计的销售额、税额数据比对，二者的逻辑关系必须相等。
（二）进项比对
1．非辅导期内一般纳税人的进项票表比对内容
（1）用防伪税控认证系统采集的专用发票抵扣联进项金额、税额汇总数与《增值税纳税申报表附列资料（表二）》中第2栏“本期认证相符且本期申报抵扣”中所填列的进项金额、税额汇总数比对，二者的逻辑关系是认证系统采集的进项信息必须大于或等于申报资料中所填列的进项数据。
（2）用《增值税运输发票抵扣清单》中“合计”栏“允许计算抵扣的运费金额、计算抵扣的进项税额”项数据与《增值税纳税申报表附列资料（表二）》中第8栏“运费发票”的“金额、税额”项数据比对，二者的逻辑关系必须相等。
（3）用《海关完税凭证抵扣清单》中的“税款金额”栏汇总数与《增值税纳税申报表附列资料（表二）》中第5栏“海关完税凭证”的“税额”项汇总数比对，二者的逻辑关系必须相等。
（4）用《废旧物资发票抵扣清单》中“发票金额”栏“计算抵扣税额”项汇总数与《增值税纳税申报表附列资料（表二）》中第7栏“废旧物资发票”的“金额、税额”栏汇总数比对，二者的逻辑关系必须相等。
