（四十九）南水北调主体工程投资计划管理，实行“静态控制、动态管理”的原则。
（五十）南水北调主体工程的年度投资计划（含征地移民投资计划）由项目法人根据工程总体建设进度要求编制，经南水北调办审查、汇总平衡后，报发展改革委审核并纳入国家固定资产投资计划。
（五十一）南水北调主体工程年度投资计划由发展改革委下达南水北调办，南水北调办据此组织编制分解细化的投资计划下达到项目法人，同时抄发展改革委备案；项目法人依据南水北调办下达的投资计划，结合工程建设实际进展和有关合同，组织投资计划的实施。
（五十二）项目法人或其委托的项目管理单位必须严格按照下达的计划和批复的初步设计组织建设，不得擅自扩大建设规模，增加建设内容，提高建设标准，增加概算投资，严禁建设计划外项目和越权调整计划。因各种原因不能按计划执行而需要作出调整的项目，由项目法人提出调整意见，按程序报批。
（五十三）项目法人应建立健全投资控制的约束和激励机制，提高资金使用效益。要严格计划管理，制订相应的检查监督制度，加强对投资计划执行情况的监管，不得以任何名义滞留、克扣和挪用建设资金。
（五十四）项目法人应根据年度建设计划编报建设项目预算，并按照财政部批准的年度基本建设支出预算，管理和使用南水北调工程建设资金。预算经过批准后应严格执行，严禁擅自调整预算。确需调整的，由项目法人提出调整意见，按程序报批。
（五十五）南水北调工程建设资金应在国家统一规定的银行账户专账核算，专款专用，严禁挤占和挪用工程建设资金。建设资金（财政拨款部分）应按照财政国库管理制度改革方案的总体要求逐步实现规范化管理，原则上应直接支付到商品和劳务供应者。具体实施操作程序，由财政部会同南水北调办按国库集中支付有关管理办法另行制定。
（五十六）南水北调工程基金管理按照《南水北调工程基金筹集和使用管理办法》执行。
（五十七）南水北调工程贷款由项目法人作为承贷主体，按照工程建设需要及有关规定，与银行签订贷款协议，并履行还本付息义务。贷款协议报南水北调办备案。
