在2005年年底前，《淮河流域水污染防治“十五”计划》（以下简称《计划》）确定的治污工程投入运行的比例达到60%（安徽省达到55%）；主要污染物化学需氧量和氨氮入河量与2000年相比分别削减20%和10%；在来水基本正常的情况下，该流域25个省界断面水质基本达到《计划》目标，淮河干流省界断面水质基本达到Ⅲ类。枯水期无天然径流省界断面化学需氧量浓度低于100毫克/升。
在2007年年底前，《计划》确定的治污工程投入运行的比例达到90%（安徽省达到85%）；山东、江苏两省省辖市城市污水处理率达到70%，县级市市区和县城所在镇污水处理率达到40%；河南省省辖市城市污水处理率达到65%，县级市市区和县城所在镇污水处理率达到35%；安徽省省辖市城市污水处理率达到60%，县级市市区和县城所在镇污水处理率达到30%。化学需氧量和氨氮入河量与2000年相比分别削减25%和15%。在来水基本正常的情况下，淮河干流和主要支流水质明显好转，山东、江苏两省南水北调输水线路区水质达到Ⅲ类，主要支流优于Ⅴ类水质断面比例达到60%。枯水期无天然径流河道化学需氧量浓度低于80毫克/升，氨氮浓度低于30毫克/升。
在2010年年底前，山东、江苏两省省辖市城市污水处理率达到80%，县级市市区和县城所在镇污水处理率达到55%；河南省省辖市城市污水处理率达到75%，县级市市区和县城所在镇污水处理率达到50%；安徽省省辖市城市污水处理率达到70%，县级市市区和县城所在镇污水处理率达到45%。化学需氧量和氨氮入河量控制在水环境容量范围内。在来水基本正常的情况下，淮河干流和主要支流水质达到水环境功能区和水功能区的要求，淮河干流、城市集中式饮用水源地水质达到Ⅲ类，主要支流水质达到Ⅳ类或Ⅴ类。枯水期无天然径流河道化学需氧量浓度低于70毫克/升，氨氮浓度低于25毫克/升。
三、统筹协调，综合治理
（四）加大产业结构调整力度。沿淮各地要依据水环境容量、水域纳污能力和水资源承载能力，合理制订和实施本地区经济社会发展规划，努力提高经济增长的质量和效益。严格执行国家产业政策，不得新上、转移、生产和采用国家明令禁止的工艺和产品，严格控制限制类工艺和产品，禁止转移或引进重污染项目，鼓励发展低污染、无污染、节水和资源综合利用的项目。
（五）严格控制人口增长并合理确定城市发展目标。沿淮各地要根据流域、区域水资源承载能力，制订人口中长期发展规划，严格控制人口的过快增长，认真解决人口增长带来的环境问题。城市人民政府要根据环境容量，认真制（修）订城市规划，合理确定城市定位和规模，调整优化城市经济结构和空间布局。
（六）创建节水型社会。认真做好城市节约用水工作，加快城镇供水管网的更新改造，加强生活用水管理。推行定额管理办法，鼓励发展节水高效产业，降低工业耗水量。推广使用喷灌、滴灌等节水灌溉技术，大力发展节水型农业。加强污水的资源化利用，鼓励使用中水。
