水权制度体系由水资源所有权制度、水资源使用权制度、水权流转制度三部分内容组成。
（一）水资源所有权制度
水法明确规定“水资源属于国家所有。水资源的所有权由国务院代表国家行使。”国务院是水资源所有权的代表，代表国家对水资源行使占有、使用、收益和处分的权利。推行水资源宏观布局、省际水量分配、跨流域调水以及水污染防治等多方面工作，都涉及到省际之间的利益分配，必须强化国家对水资源的宏观管理。地方各级人民政府水行政主管部门依法负责本行政区域内水资源的统一管理和监督，并服从国家对水资源的统一规划、统一管理和统一调配的宏观管理。国家对水资源进行区域分配，是在国家宏观管理的前提下依法赋予地方各级人民政府水行政主管部门对特定额度水资源和水域进行配置、管理和保护的行政权力和行政责任，而不是国家对水资源所有权的分割。
水资源所有权制度建设必须坚持国家对水资源实行宏观调控的原则，突出国家的管理职责。主要内容包括如下几个方面。
1．水资源统一管理制度
明确国家对水资源实行统一管理的内涵。制定国家对水资源实行总量控制和定额管理的管理办法。
2．全国水资源规划制度
水资源规划是水资源配置、保护、管理和开发利用的基础。编制全国水资源开发利用近期和中长期规划，流域综合规划和水资源规划、水中长期供求规划、水资源配置方案、水功能区划、河流水量分配方案、旱情紧急情况下的水量调度预案等，建立编制水资源配置方案和河流水量分配方案的管理制度。
3．流域水资源分配的协商机制
包括中央政府调控，流域内各省（直辖市、自治区）政府参加的协商制度。
4．区域用水矛盾的协调仲裁机制
5．水资源价值核算制度
包括对水资源的经济、环境和生态价值进行评估的制度，对水资源的调查评价，对水资源可利用量估算，对水资源演变情势分析等制度。
6．跨流域调水项目的论证和管理制度
7．水资源管理体制
规范水资源的国家宏观管理体制、流域管理体制和区域水管理体制，规范水资源配置统一决策、监管的体制和机制。
（二）水资源使用权制度
根据
水法的有关规定，建立水权分配机制、对各类水使用权分配的规范以及水量分配方案。根据
水法对用水实行总量控制和定额管理相结合的制度规定，确定各类用水户的合理用水量，为分配水权奠定基础。水权分配首先要遵循优先原则，保障人的基本生活用水，优先权的确定要根据社会、经济发展和水情变化而有所变化，同时在不同地区要根据当地特殊需要，确定优先次序。
要做到科学、合理分配水权，必须建立两套指标，即水资源的宏观控制指标和微观定额体系。根据全国、各流域和各行政区域的水资源量和可利用量确定控制指标，通过定额核定区域用水总量，在综合平衡的基础上，制定水资源宏观控制指标，对各省级区域进行水量分配。各行政区域再按管理权限向下一级行政区域分配水量。根据水权理论和经济发展制定分行业、分地区的万元国内生产总值用水定额指标体系，以逐步接近国际平均水平为总目标，加强管理，完善法制，建设节水防污型社会。通过建立微观定额体系，制定出各行政区域的行业生产用水和生活用水定额，并以各行各业的用水定额为主要依据核算用水总量，在充分考虑区域水资源量以及区域经济发展和生态环境情况的基础上，科学地进行水量分配。
