1、积极推进有关动植物物种资源保护、自然保护区保护的法律法规的修改完善；在
刑法中增加相应条款，对违法单位和个人予以惩处；尽快研究制定生物物种资源保护法律法规，规范生物物种资源的保护、利用与进出口、出入境管理。
2、建立生物物种资源监测预警体系，沟通现有监测网络信息，规范监测或检测的指标体系和标准，确立保护与利用的应对方案；制定涉及生物物种资源保护的开发建设规划和项目的环境影响评价管理办法，落实相关的补救措施和补偿机制，严格对影响生物物种资源保护的工程建设、旅游开发的环境监管。
3、建立生物物种资源保护与管理监督检查制度。国家环保部门会同监察部门制定年度工作方案，根据实际需要，每年有重点地开展管理监督检查工作。2004、2005年执法检查的重点是，加强对各级各类科研和教学机构生物物种资源研究的监管，促进其按现有法律法规和制度，严格生物物种资源引进和输出的申报、审批和登记。今后要逐步加强对生物物种资源保护重点省区、重点行业的执法检查，加大执法力度，工商、商务等部门要采取有效措施，加强生物物种资源市场贸易的管理，规范执法，堵塞漏洞，遏止生物物种资源的丧失和流失。
五、建立和完善对外输出审批、出入境查验和对外合作管理制度
1、根据现有国家法律法规和部门职责，从强化对外输出的管理和监督出发，健全生物物种资源对外输出审批制度，主要是建立审批责任制和责任追究制。
审批责任制和责任追究制应涵盖申请获取和提供两方面，主要内容包括：申请格式、受理机构、批准与备案、名录制定与发布、科学咨询和专家评估、谈判以及跟踪管理和档案信息等实体及程序性规定。具体由各主管部门依据法律法规规定，尽快制定和完善。
2、针对生物物种资源流失的突出问题，对无意或事前未经申报批准而携带、邮寄或运输生物物种资源的行为，从把好出入境管理环节入手，根据有关国际公约以及国内有关法律法规规定，争取用两年时间建立出入境查验管理制度。
出入境查验制度主要解决涉及查验的范围，申报方式和查验方法，检疫要求，违反规定的处罚，相关部门的合作、分工和运行机制等问题。由质检部门牵头，会同环保、商务、海关、邮政、民航、铁道、交通、农业和林业等国务院有关部门研究制定。
3、从规范生物物种资源对外合作出发，根据《生物多样性公约》和《波恩准则》以及国内相关管理要求，研究建立在保护生物物种资源、维护国家利益和保障当事人合法权益的基础上，加强管理和促进资源获取与公平分享惠益的制度，并为下一步公约谈判提供支持。
