三、申报审批程序。按照这次会议的部署和学科建设的要求，由每个省（自治区、直辖市）遴选2个学科，并按《国家中医药管理局重点扶持学科申报表》和《国家中医药管理局重点扶持学科建设规划书》的要求填报国家中医药管理局科技教育司。经审核批准的学科，按规划书确定的建设任务进行建设。建设周期为三年。没有批准的学科作为第二批西部地区中医药重点学科建设的候选点。
四、学科建设经费。这次学科建设强调以任务定经费，保证学科建设所必需的条件。经费是完成学科建设任务的必要保障，在制定重点学科建设规划时，强调建设经费必须根据学科建设的任务进行测算，必须明确经费筹措的途径和来源，以保证学科建设任务的完成。各学科要充分发挥自身优势，争取科研经费、教育经费和地方政府的支持。鼓励各学科和企业合作，向社会筹措资金，从而保证学科建设有充足的经费支撑。按照局级重点学科建设经费补助原则和数额，在审核批准各学科点建设规划并签订协议后，国家中医药管理局对西部地区中医药重点学科每个学科建设点先期补助30万元，主要用于学科基础建设、人才培养和学术交流。3年建设周期中根据我局经费情况和学科建设成效争取更多的投入。
五、组织管理。重点学科建设的组织管理分为4个层次：第一个层次是国家中医药管理局重点学科建设专家指导委员会，主要任务是制定有关政策和规划、指导和管理中医药学科建设；省级中医药行政管理部门负责对本省（自治区、直辖市）中医药重点学科建设点的遴选、对学科建设进行协调、管理与监督。第二个层次是重点学科建设点所在单位。每个单位均要求成立以校长或院长为组长的领导小组，具体负责本单位的重点学科建设工作，为学科建设提供相应的条件，以保障建设任务的完成。各单位的学科管理部门具体指导和协调各学科建设，实施检查监督。第三个层次是学术带头人，是本学科学术造诣较高的老中医药专家或担任领导职务的原学科带头人。他们的任务是在单位重点学科建设领导小组的领导下，具体指导、协调本学科点的建设。对学科建设进行学术指导。第四个层次是学科带头人，原则上是第一线工作的科（室）主任，他们是学科建设的具体执行者和组织者，承担学科建设的具体工作。
在重点学科建设中，要求各个学科必须建立以学术带头人和学科带头人为核心的统一、协调、有效的运行机制，并赋予他们一定的与学科建设相关的人、财、物的自主支配权。
