全面实行课题制，坚持课题负责人负责制，使课题负责人在批准的计划任务和预算范围内享有充分的自主权，减少管理环节与管理层次。
建立灵活有效的激励分配机制，探索技术与知识作为生产要素参与分配的实现形式。实行按岗定酬、按任务定酬、按业绩定酬的分配制度，科研机构可自主决定内部分配，拉开收入档次。继续推进奖励制度改革，突出技术创新和科技产业化导向。精简奖项数目，促进技术创新。根据各种科技活动的不同特点，实行相应的评价标准和方法。
三、改进评价体系
优化立项评价指标与标准，突出创新在基础研究和高技术前沿研究立项中的位置。在高技术领域还要特别注重技术集成。加强对非共识项目的支持。对创新性强的小项目以及学科交叉项目给予特别关注。对部分课题实行“滚动式”资助方式，项目中期再对更具创新前景的项目给予重点支持。
简化评估内容、优化评估程序、改进评价方法。要尽可能地压缩合并同内容、不同层次的评估活动。基础研究的评价主要突出研究思想及过去研究取得的突出进展。要建立基础研究评估共享资料平台，为各种评估活动提供权威性通用资料信息。对高技术前沿研究成果的评价，要把发明专利作为重要的衡量指标。
应历史地、客观地评价科学成果的学术价值，避免短期化、绝对化。基础研究的成果主要是以科技论文的形式表现，各类科学论文数据库为基础研究的评价提供了重要的参考，特别是论文的被引用率，在一定程度上反映了同行的关注程度，但同时也要纠正目前在一些单位存在单纯以论文发表情况评价个人学术水平的做法。要使评价体系进一步科学化、合理化，不同类型的基础研究工作应有不同的评价指标体系和侧重点。
高技术前沿研究重大项目立项前，应就该技术领域的国内外知识产权申、授权及实施等状况和趋势提出分析评估报告，并对项目承担单位规定明确具体的知识产权任务目标。对科研单位或成果发明人专利申请和维持费用给予适当补助。
注重对于科技人员个人或团队素质、能力和研究水平的评价，注重研究人员对创新实际贡献的评价，改变现行奖励制度中按照科研人员排序进行奖励的做法，以利于推动形成研究团队，促进科学家之间的协作。
加强对评估过程的监督，提高评估的公开性、公正性。探索建立评审专家信誉制度，扩大评估活动的公开化程度和被评审人的知情范围。实行严格的回避制度，减少各种不正之风和非学术因素的干扰。促进国际同行评议专家库的共享，鼓励聘请国外专家参加项目评估和研究成果的评价。
四、大力培养和引进创新人才
