深化“收支两条线”改革需要做好三个方面的工作：一是要将各部门的预算外收入全部纳入财政专户管理，有条件的纳入预算管理，任何部门不得“坐收”、“坐支”。二是部门预算要全面反映部门及所属单位预算内外资金收支状况，提高各部门支出的透明度。同时，财政部门要合理核定支出标准，并按标准足额供给经费。三是要根据新的情况，修订、完善有关法规和规章制度，使“收支两条线”管理工作法制化、制度化、规范化。
　　（一）对中央部门区分不同情况，分别采取将预算外资金纳入预算管理或实行收支脱钩管理等办法
　　１.抓好基础工作，继续清理整顿现行收费。在进一步清理整顿的基础上，陆续公布取消不合法、不合理的收费项目；将部分不体现政府行为的行政事业性收费转为经营服务性收费并依法征税。同时，加强对收费的财政审批管理和监督检查，规范收费行为。
　　２.将公安部、最高人民法院、海关总署、工商总局、环保总局５个行政执法部门按规定收取的预算外收入（不含所属院校的收费，下同。见附件１）全部纳入预算，全额上缴中央国库；其支出由财政部按该部门履行职能的需要核定，确保经费供给。
　　３.对国家质检总局、外经贸部、证监会、保监会等２８个中央部门的预算外资金（见附件２），实行收支脱钩管理。其预算外收入缴入财政专户，财政部按核定的综合定额标准，统筹安排年财政支出，编制综合财政预算。
　　４.改变国税系统、海关系统按收入比例提取经费的办法，实行“预算制”。从２００２年起，按照部门预算的统一要求核定经费支出。
　　５.为了保证试点单位的支出需要，对上述实行预算外收入纳入预算管理和收支脱钩试点的部门，按适当的比例核定部门机动经费，由部门按规定使用。
　　６.其他有预算外收入的部门，暂维持现行管理方式，但要进一步强化预算外收支管理，今年将根据改革的进展情况研究制订规范的管理办法。
　　（二）从２００２年开始，在编制部门预算时，中央级行政事业单位要编制基本支出预算、项目预算以及政府采购预算
　　１.对中央级行政单位和依照国家公务员制度管理的一级事业单位所开支的行政性经费，以及具备试行定员定额管理条件的事业单位开支的事业费，要按定员定额管理方法编制基本支出预算。
　　２.所有编制基本支出预算的单位，要同时编制项目预算。项目支出预算要在对申报项目进行充分的可行性论证和严格审核的基础上，按照轻重缓急进行项目排序，并结合当年财力状况，优先安排急需、可行的项目。对财政预算安排的项目，其实施过程及完成结果要进行绩效考评，追踪问效。

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