在国家农发办的统一组织协调下，国土资源部负责项目评估论证、立项审查、年度项目实施计划下达、项目终验等。
省级土地行政主管部门负责组织项目申报、年度项目实施计划编制、项目实施、资金使用监督检查、项目初验等．
二、项目申报
第六条 国家实行项目年度申报与立项。有关省（自治区、直辖市）土地行政主管部门应当根据本地区被破坏土地资源状况，负责组织项目申报。
第七条 项目申报单位为县（市、区）土地行政主管部门。申报的项目须经地（市）级土地行政主管部门签署意见，省（自治区、直辖市）土地行政主管部门审核同意后，由省（自治区、直辖市）土地行政主管部门集中报国土资源部。
每年项目集中报国土资源部时间为６月１日至６月３０日。
第八条 申报项目应当符合以下条件：
（一）项目符合土地利用总体规划、相关专项规划和土地利用年度计划；
（二）待复垦土地为挖损、塌陷、压占等造成破坏的土地，面积较大，相对集中连片，水土资源条件相对较好。通过复垦，能有效增加农用地特别是耕地面积。项目规划建设面积原则上不小于２００公顷（３０００亩）；
（三）地方财政具有资金配套能力和有偿资金偿还能力。当地政府和群众土地复垦积极性较高。
对于已经安排项目建设的县（市、区），在申报条件符合上述要求的前提下，应当优先组织项目申报。
第九条 省（自治区、直辖市）土地行政主管部门申报项目时，应当提供以下材料：
（一）省（自治区、直辖市）土地行政主管部门申请立项报告；
（二）项目可行性研究报告与评估论证意见；
（三）省（自治区、直辖市）土地行政主管部门出具的项目符合土地利用总体规划、相关专项规划的审核意见；
（四）项目土地登记情况一览表及项目标准分幅土地利用现状图、项目规划图与项目位置图；
（五）其它有关材料（如有关影像资料等）。
项目可行性研究报告主要内容包括：项目区背景情况（包括自然、社会、经济状况）；项目区被破坏土地与权属状况；项目区水土资源与环境评价；项目建设范围、规模；项目建设工程量与主要工程、生物措施；土地权属调整方案；投资概算及筹资方案；综合效益评价；组织实施措施等。
