水运行业生产力水平已有较大提高，集装箱运输迅速发展，大宗散货专业化运输比重不断提高，特种货物运输正在形成规模。大型水运企业集团已经形成并具备一定的市场竞争实力。水运市场体系已初具规模。
存在的主要问题是：管理体制不合理，部门、地区之间仍存在着各自为政、条块分割的现象，港口政企不分；法规体系不完善，水运市场不规范，市场监管存在无法可依、有法不依、执法不严的现象，宏观调控缺乏有效政策，管理手段不强，方法落后，部分地区水上“三乱”还较严重；运输组织方式不合理，大宗散货专业化运输和多式联运等现代运输组织方式在运输体系中尚未占据应有比重，港口功能过于单一，现代综合物流刚刚起步；航运企业内部组织不合理，经营机制不灵活，从业人员素质不高，管理水平低，技术创新能力弱，经营粗放，亏损严重。
二、公路、水路交通结构调整的形势与任务
党的十五届五中全会指出，“实现国民经济持续快速健康发展，必须以提高经济效益为中心，对经济结构进行战略性调整”。目前，公路、水路交通结构存在诸多问题，已经成为制约交通行业提升质量和效益的障碍，结构调整迫在眉睫，势在必行，这是交通行业持续发展和提高效益的必由之路，是深化交通改革的重要内容，不仅是公路、水路交通自身发展的需要，而且关系到国民经济发展的全局。
（一）交通结构调整是适应我国经济结构战略性调整的需要
今后五到十年，国民经济战略性结构调整的主要任务是优化产业结构，全面提高农业、工业、服务业的水平和效益，合理调整生产力布局，逐步推进城镇化，加强基础设施建设，着力改善生态环境，实现可持续发展。经济结构的战略性调整，必然带来交通需求模式的变化，旅客及货主对交通模式的选择观念及行为开始发生重大变化，方便、快捷、舒适、安全、自主等价值取向明显趋强。人们不仅要求“运得了”，更要求“运得好”。批次多、批量小、价值高、随机性强、分散度高的货运需求大大增加；中短途运输需求的增长明显加快，并逐步成为运输需求的主体；区域间主要通道的交通压力日益加大；休闲性出行比例提高，客运需求继续快速增长。为适应新的交通需求模式，必须对现有的公路、水路交通结构进行调整。
（二）交通结构调整是适应经济全球化发展的需要
随着经济全球化的发展和我国加入世贸组织，我国将进一步扩大对外开放，一方面大大拓展了交通运输的发展空间，尤其是外贸运输将空前高涨，凸现海港和内陆高速交通的重要地位，另一方面也向公路、水路交通提出了严峻的挑战。首先，随着国内企业调整进出口商品结构，在保持资源性物资和产品稳定进口的同时，运输货物种类将继续发生结构性变化，现有的基础设施和运输装备结构必须作相应调整；其次，我国加入世贸组织后将进一步开放，为与国际惯例接轨、提高竞争力、增强抗风险能力，公路、水路企业的组织结构和行业管理体制也必须作出相应调整；第三，为维护国家主权，保障水上航行秩序，提高对突发事件应急反应能力，必须尽快改变救助和海事船舶的落后技术状况，建立立体搜巡救助体系。
