一些地方政府及其有关部门越权审批设立公路建设基金、各种行政性收费项目和在公路上乱收费问题较为普遍。虽然财政部、国家计委等部门几次组织清理，但广东、山东、江苏、浙江、湖北、重庆、四川、云南、广西等９个省、自治区、直辖市，还有２３项越权审批设立的公路建设基金和收费项目仍在执行，截止２０００年３月底，已累计征收６０．９亿元，其中１９９９年度征收３０．６亿元。主要表现：
（一）违反《
国务院关于加强预算外资金管理的决定》（国发〔１９９６〕２９号）规定，越权审批设立公路建设基金。广东、山东、江苏、湖北、重庆、四川、云南、广西等８个省、自治区、直辖市越权审批设立公路建设基金１５项，共征收４３．９亿元，其中１９９９年度征收２０．１亿元。１９９６年，云南省人民政府批准开征地方新购车辆附加费，征收标准为车辆购置价的５％，征收范围与国家规定的车辆购置附加费相同，１９９９年度共征收２．６亿元。
（二）违反国务院关于禁止在公路上乱设站卡、乱罚款、乱收费的规定，收取车辆通行费。浙江、河北、云南等省在不符合规定条件的公路（桥梁）上设立站卡，收取车辆通行费７．９８亿元。河北省１９９１年以前改扩建１１０国道怀来至宣化段，总投资１．０３亿元，其中银行贷款仅为１００万元，其余全部为财政性资金，但省交通厅在１９９２年未经省人民政府批准（１９９６年省人民政府才发文核准），违规设站收费，截止１９９８年底，已累计收取车辆通行费１．７２亿元，相当于银行贷款的１７２倍。经浙江省人民政府同意，衢州市交通局从１９９３年９月起，在用养路费投资建设的３２０国道常山、２０５国道江山、２０５国道开化三个省界点设收费站，征收车辆通行费，自１９９６年９月至２０００年４月止，累计征收１．０６亿元。
（三）违反规定扩大收费范围。国家计委、财政部、
交通部《关于规范公路客货运附加费增加公路建设资金的通知》（计价管〔１９９８〕１１０４号）规定，行政机关、军队、各国驻华使领馆和企事业单位及个人不从事取酬运输的车辆，不属于征收公路客货运附加费的范围。但云南省人民政府却批准省交通厅对非营运性车辆也征收客货运附加费，１９９９年度共征收４．７亿元，其中对政府机关征收２．５５亿元、私人车辆１．９５亿元、摩托车２２３０万元。
