对于上述审计重点关注事项，注册会计师如对企业在会计报表附注中的披露存在异议，或者企业已编制的会计报表未按审计意见调整，或者注册会计师在审计中认为的其他重要事项，需要在审计报告中恰当反映。
注册会计师对于审计过程中注意到的企业内部控制重大缺陷，应当按照有关要求出具管理建议书。
五、关于企业集团审计工作的组织
以资本为纽带组建的企业集团，以直接向主管财政机关报送年度会计报表的集团公司为单位，按照国有资本出资人的财务管理职能，统一组织、统一委托会计师事务所对所属企业年度会计报表进行审计。
尚未实行与政府主管部门脱钩的企业，以直接向政府主管部门报送年度会计报表的企业为单位，统一组织、统一委托会计师事务所对所属企业年度会计报表进行审计。
企业集团应当按照公开、公平的原则，以招标等合理方式选择多家符合《
国有企业年度会计报表注册会计师审计暂行办法》和本通知第二条规定条件的会计师事务所，并由其中一家会计师事务所牵头审计。
企业集团在委托审计时，对纳入年度会计报表合并（或汇总）范围的子公司必须全部委托审计。对子公司所属基层企业，或者由原政府主管部门改组而成的行业性企业集团下属县级公司或者没有县级公司的市级公司，由注册会计师根据《独立审计准则》有关重要性的规定进行审计。
牵头的会计师事务所应当制定企业集团年度会计报表总体审计方案，并组织其他参与审计的会计师事务所共同实施，同时出具总的审计报告，并承担审计责任。在总的审计报告中，应当恰当反映各参与审计的会计师事务所的有关审计情况。
六、关于会计师事务所的确定与变更问题
各级企业从２００１年１月１日起，必须确定年度会计报表审计的会计师事务所。对于连续审计两年以上、具备《
国有企业年度会计报表注册会计师审计暂行办法》和本通知规定的资格条件、没有出现违纪违规问题的会计师事务所，不论是牵头审计企业集团的会计师事务所，还是参与审计子公司及其下属企业的会计师事务所，一般不得随意变更，以保持工作的连续性。
企业确定与更换会计师事务所，报其国有资本持有单位备案。其中直接向财政部报送年度会计报表的中央企业集团公司，应当报财政部备案。
