（二）按非营利性机构运行和管理的科研机构，要在人事制度、分配制度等方面进行改革，按照新的机制和管理制度运行，承担政府、企业和其他社会组织委托的任务，按有关规定为社会提供有偿服务，提高面向市场服务的能力，最终实现经营管理的社会化；主管部门要转变管理方式，变直接领导为通过参加机构理事会参与重大问题决策。这类科研机构达到改革目标、经有关部门验收并重新核定编制后，国家对其增加人均事业费投入。要加强科研项目经费的投入和管理，按照竞争、择优的原则对优选的科研项目加强支持。
（三）进入高等学校或与高等学校合并的科研机构，其人均事业费低于高等学校标准的，由负责拨付费用的一级财政予以补足。
三、改革的组织实施
科研机构管理体制改革事关科技工作、经济工作和社会稳定的全局。国务院各部门（单位）要高度重视，根据本实施意见提出切实可行的改革方案，明确所属科研机构的具体改革方向和任务，制定保障改革顺利实施的措施和办法，及时解决实践中出现的新情况、新问题，充分调动科研机构和广大科技人员的积极性和创造性。
（一）科研机构管理体制改革以国务院各部门（单位）为主具体实施。向企业化转制的科研机构要于２０００年９月底前完成交接，２０００年１２月底前完成企业登记。社会公益类科研机构按照非营利性机构运行和管理的试点工作，在本实施意见发出后启动，总体方案要在２０００年１２月底前确定，２００１年全面实施。
（二）经国务院授权，由科技部牵头，会同国务院有关部门（单位）做好科研机构管理体制改革的协调、审核工作。国务院部门（单位）所属科研机构的改革方案经科技部、财政部、中编办审核批准，报国务院备案后组织实施。科技部负责改革方案实施的检查督导工作，统筹协调社会公益类科研机构分类改革的方案制定、试点和全面启动工作。
科技部会同国务院有关部门制定非营利性科研机构的有关政策和运行管理规范，定期评估其工作绩效。
（三）国务院有关部门要根据科研机构管理体制改革的新形势，改革政府科技经费投入方式，建立国家科技计划项目招投标制度，对国家科研计划项目的实施逐步实行课题制管理，使科研机构管理体制改革、调整后的科技实力和创新能力得到进一步加强。
（四）地方政府部门所属科研机构体制改革工作，由各地方政府参照本实施意见进行。
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