一是大力推进思想政治理论课的学科建设。设立马克思主义一级学科，加强马克思主义一级学科建设，为思想政治理论课，思想政治教育，为全面把握马克思主义的立场、观点、方法和科学内涵、精神实质，坚持和巩固马克思主义在意识形态领域的指导地位，提供有力的学科支撑。
二是不断完善高等学校思想政治理论课的课程体系。课程设置问题是加强和改进高校思想政治理论课教育教学的关键。它涉及到对一个时期党的思想政治教育、思想政治工作的总体把握，对高校思想政治课体系的总体把握，对大学生思想政治素质构成的总体把握，对大学思想政治课程和中学思想政治课的总体把握，是教师培养的基础，教材建设的前提，也是教学方法改革的依据。因此，它是宏观管理的重要内容，必须予以高度重视。
调研中，许多同志指出，在我国经济社会发生深刻变化和高等教育改革不断深入的新形势下，为提高思想理论政治课教学针对性和实效性，必须正视和认真解决课程设置上存在的课程门数和总学时偏多以及与中学特别是高中政治课衔接协调不够的问题。各地各高校及师生普遍建议对课程设置进行相应的调整，提出了一百多个方案。经汇总分析，意见比较集中的有三种方案。去年，调研领导小组就这三种方案征求了122位专家、教师意见。在此基础上，调研领导小组提出了两种建议方案，最后提交2004年12月20日中央宣传思想工作领导小组审议。中央宣传思想工作领导小组对课程设置建议方案进行了认真研究和充分审议。认为，这两种方案本质上是一致的，都是对“98方案”的继承和发展。同时，提出要加强对大学生进行中国近现代史教育，帮助学生了解国史、国情，深刻领会历史和人民是怎样选择了马克思主义，选择了中国共产党，选择了社会主义道路。会后，教育部及时召开了论证会，专程登门拜访了有关专家，充分听取有关意见，教育部内有关司局之间也进行了沟通。中宣部和教育部又对方案反复进行了修改，最后，经中央宣传思想工作领导小组报中央政治局常委会审议并通过了上述课程设置方案。
《意见》提出的新课程设置方案有很强的继承性，反映了“98方案”实施中的成功经验，同时，也有新的发展，集中了广大教师、专家的经验和智慧，反映了中央决策的高瞻远瞩。要在新课程设置方案的理解上，把思想认识统一到中央的决策和部署上来。
三是抓紧组织编写思想政治理论课教材。进一步加强高等学校思想政治理论课教材编写的领导和管理，保证教材的科学性、权威性、严肃性。高校思想政治理论课教学大纲和教材编写纳入马克思主义理论研究和建设工程，中宣部、教育部负责教学大纲和教材编写工作。
