用公式表示：
某省国家重点生态功能区转移支付应补助额＝∑该省限制开发等国家重点生态功能区所属县标准财政收支缺口×补助系数＋禁止开发区域补助＋引导性补助＋生态文明示范工程试点工作经费补助
其中：
限制开发等国家重点生态功能区所属县标准财政收支缺口参照均衡性转移支付测算办法并考虑中央出台的重大环境保护和生态建设工程规划地方需配套安排的支出、南水北调中线水源地污水和垃圾处理运行费用等因素测算确定。
补助系数根据中央财政财力状况、限制开发等国家重点生态功能区所属县标准财政收支缺口和财政困难程度等因素测算确定。
禁止开发区域补助根据《全国主体功能区规划》确定的各省禁止开发区域的面积和个数等因素测算确定。
引导性补助参照环境保护部制定的《全国生态功能区划》，对生态功能较为重要的县按照其标准收支缺口给予适当补助。
生态文明示范工程试点工作经费补助按照市级300万元／个、县级200万元／个的标准计算确定。其中，已享受限制开发等国家重点生态功能区转移支付的试点县，不再给予此项补助。
第四条 奖惩机制
财政部会同环境保护部等部门对限制开发等国家重点生态功能区所属县进行生态环境监测与评估，并根据评估结果采取相应的奖惩措施。对生态环境明显改善的县，适当增加转移支付。对非因不可控因素而导致生态环境恶化的县，适当扣减转移支付。其中，生态环境明显恶化的县全额扣减转移支付，生态环境质量轻微下降的县扣减其当年的转移支付增量。
采取激励约束措施后，各地实际享受的转移支付用公式表示为：
某省国家重点生态功能区转移支付实际补助额＝该省国家重点生态功能区转移支付应补助额±奖惩资金
第五条 省级分配
省级财政部门要根据本地实际情况，制定省对下国家重点生态功能区转移支付办法，规范资金分配，加强资金管理，将禁止开发区、国家重点生态功能区、生态文明示范工程试点补助资金落实到位。补助对象原则上不得超出本办法明确的中央对地方国家重点生态功能区转移支付范围，分配的转移支付资金总额不得低于中央财政下达的国家重点生态功能区转移支付额。
第六条 资金使用和监管
