四、加快推进支付方式改革
各地要认真总结支付方式改革试点的成效与经验，加强培训与指导，逐步扩大支付方式改革的试点范围。要将门诊统筹与门诊总额预付制度相结合，将住院统筹与按病种付费、按床日付费等支付方式改革相结合。通过新农合支付方式的引导和制约机制，推动定点医疗机构加强内部管理，规范服务行为，控制医药费用不合理增长。开展支付方式改革的地区应当积极协助本省（区、市）价格主管部门，研究完善医疗收费与按病种付费等相关衔接工作。开展按病种支付方式改革试点的医疗机构制订的具体临床路径要充分考虑当地医疗实际、医疗机构自身的服务能力和新农合等各项医保基金的负担能力。新农合等经办机构要加强审查。加快推进新农合定点医疗机构即时结报工作，从2012年开始，没有条件开展即时结报的省、市级医疗机构不予纳入新农合定点范围或适当下调补偿比例。
五、严格执行新农合基金财务会计制度
新农合基金实行收支两条线管理，专款专用，不得用于参合农民医疗费用补偿以外的任何支出。要加强基金收支预算管理，按年度编制新农合基金预算，建立基金运行分析和风险预警制度，防范基金风险，提高使用效率。要规范票据管理、现金管理和资金划拨流程。
农民个人缴费应当及时缴入财政专户，不具备直接缴入财政专户条件的统筹地区，经办机构可在财政部门和卫生行政部门认定的国有或国有控股商业银行设立收入户，但一个统筹地区至多开设一个收入户，并按期将收入户存款及利息汇缴财政专户，不得发生其他支付业务。收入户月末无余额。
新农合财政专户及支出户产生的利息收入要直接计入或定期转入新农合财政专户。各统筹地区设立新农合收入户、支出户要报省级财政、卫生部门登记备案。
要健全新农合基金的内部审计和督导检查制度。财政、卫生部门和新农合经办机构要定期与开户银行对账，保证账账相符、账款相符。各统筹地区要重视发挥审计作用，定期邀请审计部门或会计师事务所开展新农合审计工作，强化外部监管。
六、规范新农合经办机构内部监督制约机制
要建立起有效的管理经办制约机制，各省（区、市）要根据实际情况，在限定的期限内，使乡镇一级的新农合管理经办与乡镇卫生院的医疗服务相分离。实行县级经办机构向乡镇派驻经办审核人员的做法，通过异地任职、交叉任职等形式，确保经办人员的独立性。暂时难以实现新农合管理经办与医疗服务分离的乡镇，县级新农合经办机构要强化报销审核工作。
