要做好新农合补偿与公共卫生项目和相关减免优惠政策的衔接，设有财政专项经费支持的“农村孕产妇住院分娩”、“艾滋病防治”、“结核病防治”、“血吸虫病防治”、“慢性病防治”等公共卫生项目，救治经费必须首先按照财政专项经费补助政策或经费使用有关规定执行，剩余部分的医药费用再按照新农合规定补偿。不得以新农合补偿代替财政专项补助，不得用新农合资金冲抵其他专项资金或填补其他资金缺口。
规范县外就医转诊备案制度，完善急诊等特殊情况异地就医的限时转诊备案管理办法。可采取设置不同报销比例等形式，引导参合农民主动办理转诊备案手续。县级以上新农合定点医疗机构要设立专门机构，配备专职人员经办管理新农合业务，配合新农合经办机构做好即时结报、参合患者就诊信息核查和统计上报等工作，确保异地就诊信息核查渠道通畅。
三、加强对定点医疗机构的监管
各级卫生行政部门，特别是县级卫生行政部门要进一步强化对定点医疗机构服务行为的监管，特别是对乡镇卫生院和民营医疗机构的管理，严格定点医疗机构准入和退出机制。建立由新农合经办机构与定点医疗机构的谈判机制，进一步规范和强化协议管理，通过谈判将服务范围、出入院标准、临床诊疗规范、支付方式和支付标准、医疗费用控制、目录外用药控制、开展即时结报、网络支持及统计上报、就诊信息协查等纳入协议范围，明确违约责任及处理办法。各级定点医疗机构有责任向新农合经办机构提供真实信息，协助核实住院病人情况。
定期开展对定点医疗机构的考核评价，将次均费用及其增长幅度、平均住院日、目录内药品使用比例、住院人次数占总诊疗人次比例等指标纳入考核内容并加强监测预警。考核不合格者，可采取警告、通报批评、扣减即时结报回付款、暂停或取消定点资格等措施。考核结果要定期向社会公布，接受舆论监督。建立医疗机构考核档案，积极探索医疗机构信用等级管理办法。
定点医疗机构医务人员和财务人员须认真核对参合就诊人员的合作医疗证（卡）的有效性，核实身份信息，不得为冒名顶替者办理门诊及住院手续。贯彻知情同意原则，使用目录外药品和诊疗项目须履行告知义务。定点医疗机构及医务人员不得降低入院标准、扩大住院范围，不得在开具处方和报销时将目录外药品（或诊疗项目）篡换成目录内药品（或诊疗项目）。
对医疗机构和相关人员通过虚增住院天数、虚报门诊、住院、体检人次，挂床住院，伪造医疗文书及报销凭证套取新农合基金的，一经发现要严肃查处，情节严重的要取消医疗机构新农合定点资格直至依法吊销医疗机构执业许可证，对医疗机构主要负责人要追究责任，对违规医务人员可依法吊销执业资格，通报相关违规行为。
