第十二条 项目建设资金应按照农业综合开发资金管理的有关规定严格管理。各项资金要及时、足额拨付到位，严禁挪用、截留和抵扣。财政资金按灌区管理单位的隶属关系实行县级财政或地级财政报账制，并做到专人管理、专账核算、专款专用。各级水利部门和农发办事机构应配合审计部门做好资金审计工作，对发现的问题及时予以纠正。
第四章 申报程序和评估审定
第十三条 省级水利部门会同同级农发办事机构（农发办设在财政的为农发办，未设在财政的为财政部门和农发办，下同）根据国家农业综合开发有关政策和中长期发展规划，结合《全国农业综合开发重点中型灌区节水配套改造建设规划》，组织编制阶段性中型灌区改造建设规划，并据此建立项目库。
第十四条 水利部农业综合开发办公室（以下简称“水利部农发办”）与国家农业综合开发办公室（以下简称“国家农发办”）根据财力可能，于每年上半年，联合向各省（区、市）下达关于申报下一年度中型灌区改造项目的通知。
第十五条 县级水利部门会同同级农发办事机构，根据当地农业综合开发规划和中型灌区改造建设的需要，在编制项目可行性研究报告的基础上，共同向上级水利部门、农发办事机构提出项目申请。
项目可行性研究报告主要内容包括：项目提要，项目所在地经济社会概况和灌区基本现状，灌区骨干工程存在的主要问题及项目建设的必要性，水供需平衡及水质分析，建设标准及规划设计方案，主要建设内容及工程量，费用估算及资金筹措，效益及经济评价分析，环境影响评价，建设管理及施工组织，运行管护及灌区管理体制改革，结论和建议。
项目可行性研究报告需由具备相应资质的单位编制。可行性研究报告编制提纲另行制定。
第十六条 省级水利部门会同同级农发办事机构对项目可行性研究报告初审后，于每年8月底前联合向水利部农发办、国家农发办报送下一年度中型灌区改造项目可行性研究报告。
已申报项目可行但未立项实施的省（区、市），应暂缓申报新的项目。
第十七条 水利部农发办负责对各地报送的项目可行性研究报告进行技术审查，提出审查意见报送国家农发办。国家农发办针对水利部农发办提出的审查意见，组织项目评估。
项目评估采取实地考察、现场答辩和专家评议等方式进行。评估的重点包括项目建设的必要性、水土资源状况、采用的规划设计方案、费用估算、资金配套能力、项目效益情况和前期准备工作等。
